Macintosh®, Microsoft Windows® ja Linux® ovat suosittuja pöytätietokonejärjestelmiä. Applen® suunnittelema Mac OS® on suhteellisen kallis järjestelmä, joka tunnetaan käyttäjäystävällisyydestään. Microsoft Windows® on ollut kehityksessä 1980 -luvun alusta lähtien, ja se on laajimmin käytetty tietokoneen käyttöjärjestelmä. Lisäksi Linux® on ainoa laajalti käytetty avoimen lähdekoodin käyttöjärjestelmä, jota kuka tahansa voi vapaasti muokata ja jakaa uudelleen. On muitakin pöytätietokonejärjestelmiä, mutta useimmat niistä eivät ole tarpeeksi suosittuja kilpaillakseen vakavasti kolmen suuren kanssa.
Microsoft Windows® on yksi varhaisimmista pöytätietokonejärjestelmistä, ja se on esiasennettu valtaosaan uusista tietokoneista. Jotkut valmistajat jopa antavat asiakkaille mahdollisuuden valita erilaisia Microsoft Windows® -järjestelmiä, vaikka he mukauttavat henkilökohtaista tietokonetta (PC). Käyttäjille, joilla on aito kopio käyttöjärjestelmästä, Microsoft® tarjoaa ilmaisen virustentorjuntaohjelman, valokuvien muokkausohjelmiston ja paljon muuta. Yhtiö lopettaa yleensä tietyn käyttöjärjestelmän tukemisen alle kymmenen vuoden kuluttua sen julkaisusta, mikä tarkoittaa, että se ei enää kooda päivityksiä virheille tai ohjaimille tai varmistaa uusien ohjelmien suorittamisen.
Apple®-tietokoneissa on Mac OS® -käyttöjärjestelmä, jota mainostetaan usein käyttäjäystävällisimmäksi järjestelmäksi. Toisin kuin Microsoft Windows®, Mac OS® -käyttöjärjestelmää ei myydä monissa vähittäiskaupan tietokoneissa. Sen sijaan potentiaalisen käyttäjän on tilattava tilaus suoraan Apple®: lta, mutta tämä tuo mukanaan mahdollisuuden ostaa AppleCare® -suojaussuunnitelman. Apple® -tietokoneet ja niiden käyttöjärjestelmät ovat kehittäneet kultin, koska ne ovat helppokäyttöisiä. Lisäksi vaikka Mac OS® ei ole avoimen lähdekoodin käyttäjä, käyttäjät voivat helposti oppia luomaan Mac OS® -sovelluksia muiden kanssa käytäväksi.
Linuxia on kehitetty 1990 -luvun alusta lähtien tuhansien ihmisten avustuksella. Sen voi päivittää kuka tahansa, ja sillä on erittäin omistautunut fanikunta, joka auttaa uusia käyttäjiä totuttelemaan käyttöjärjestelmään. Linux® on palvelimien kannalta suosituin järjestelmävalinta, ja se käyttää maailman nopeimpia supertietokoneita.
Suosituimpien pöytätietokonejärjestelmien valitseminen voi olla vaikeaa henkilölle, joka ei ole kehittänyt asetusta. Kaikilla on omat etunsa ja haittansa; esimerkiksi vähemmän käytetyssä järjestelmässä on todennäköisesti vähemmän pelivaihtoehtoja. Käyttöjärjestelmän valinnassa ei ole “oikeaa” tai “väärää”, mutta vain henkilökohtaisia mieltymyksiä.