Aivorungolla ja pikkuaivoilla on yksilöllinen rooli kognitiivisissa toiminnoissa ja moottorin ohjauksessa. Kuten muilla aivojen osilla ja koko keholla, aivorungolla ja pikkuaivoilla on erilliset tarkoitukset. Kun niiden tarkoitukset yhdistetään, käy ilmi, kuinka paljon aivorunko ja pikkuaivo ovat riippuvaisia toisistaan ja päinvastoin aivojen yleisessä toiminnassa. Toiminta voi alkaa yhdellä alueella tai olla samanaikaisesti.
Pään ja aivojen takaosassa sijaitseva aivorunko on osa selkäytimen yläosassa. Sen päävastuu on aistien ja moottorin ohjaaminen kaulalle ja kasvoille. Aivorungossa on kaikki hermoyhteydet, jotka kulkevat aivoista muuhun kehoon. Se ohjaa keskushermostoa, sydämen toimintoja ja hengitystä. Lisäksi aivorungolla on myös ratkaiseva rooli unen ja herätyksen syklin ylläpitämisessä.
Sitä vastoin pikkuaivo sijaitsee aivojen alaosassa, venytettynä molempien pallonpuoliskojen alle, ja osa aivorungosta istuu edessä. Pikkuaivot säätelevät myös moottorin ohjausta, joka yhdistää aivorungon ja pikkuaivot yhteen tavalla. Kognitiivisia toimintoja, kuten kieltä, säätelee pikkuaivo. Sillä on myös rooli muutamissa tunnereaktioissa. Vaikka aivorungolla on ensisijainen kontrolli liikkeen aloittamisesta. Pikkuaivot auttavat liikkeitä auttamalla säätelemään ajoitusta ja koordinaatiota.
Aivorunko ja pikkuaivo voivat olla vastuussa eri toimintojen säätelystä, mutta ne toimivat myös yhdessä. Jos pikkuaivot vaurioituvat, on epätodennäköistä, että seurauksena olisi halvaus, koska aivorunko hoitaa päämoottorin ohjauksen. Aivorungon vaurioituminen voi kuitenkin johtaa halvaantumiseen, mutta se voi myös aiheuttaa puutteen muissa toiminnoissa. Joissakin tapauksissa pikkuaivot voivat kompensoida pieniä vammoja tai aivorungon vaurioita, mutta vain jos suurta hallintaa ei estetä. Pikkuaivolla ei yksinään ole kykyä toimia kuten aivorunko.
Kun aivorunko ja pikkuaivo toimivat normaalisti, ne ovat riippuvaisia toisistaan. Aivorungolla on vaikutusvaltaisin rooli molempien elinten toiminnoissa. Pikkuaivot toimivat rakenteellisena tukena auttamalla samoissa toiminnoissa kuin aivorunko, mutta eivät läheskään samassa ominaisuudessa. Jos jommankumman elimen toiminnassa on ongelma, se vaikuttaa todennäköisesti moottorin hallintaan.