Arduino® -käynnistyslatain on pieni ohjelmisto, joka on poltettu siruksi kaikissa Arduino® -levyissä. Sen tarkoitus on helpottaa ja nopeuttaa uudelleenohjelmointia. Arduino® -käynnistyslatain on avoimen lähdekoodin, joten sitä voidaan kopioida, muokata ja jakaa uudelleen vapaasti, ja se on hyödyllinen vain Arduino® -järjestelmissä.
Käynnistyslataimet ovat pieniä ohjelmistoja, jotka toimivat, kun tietokone käynnistetään ensimmäisen kerran. Useimmat pöytätietokoneet käyttävät käynnistyslatainta ladatakseen tietokoneen käyttöjärjestelmän muistiin tai käynnistääkseen käyttöjärjestelmän itse lataamispolkua pitkin. Koneissa, jotka on konfiguroitu käynnistämään useita käyttöjärjestelmiä, käynnistyslatain myös pyytää käyttäjää valitsemaan käytettävän käyttöjärjestelmän. Suhteellisesta yksinkertaisuudestaan huolimatta Arduino® -laitteet ovat pohjimmiltaan hyvin pieniä yleiskäyttöisiä tietokoneita, ja ne tarvitsevat käynnistyslataimen, kun ne on kytketty päälle.
Oletusarvoinen Arduino® -käynnistyslatausohjelma käy läpi sarjan määrittäessään, mikä ohjelmisto ladataan lyhytaikaiseen muistiin. Jos kortti on liitetty tietokoneeseen USB -kaapelilla, Xbee® -radion tai sarjayhteyden kautta, käynnistyslatain yrittää ladata uusia ohjelmistoja tietokoneesta. Arduino® -ohjelmia kutsutaan myös Arduino® -luonnoksiksi. Kun luonnos on ladattu, se kirjoitetaan pitkäaikaiseen muistiin ja ladataan sitten takaisin lyhytaikaiseen muistiin suoritettavaksi. Jos korttia ei ole liitetty tietokoneeseen tai jos se ei lataa uutta ohjelmistoa, se lataa viimeksi kirjoitetun ohjelman pitkäaikaisesta muistista.
Arduino® -käynnistyslatain on erityisen hyödyllinen, koska se poistaa tarpeen ulkoisesta ohjelmointilaitteesta, joka yleensä tarvitaan ohjelmiston vaihtamiseen vastaavilla laitteilla. Arduino® -keksinnöt käyttävät ohjelmistojaan yleensä suoraan siruista ilman magneettisten tallennuslaitteiden etuja. Tämä lähestymistapa on nopeampi ja halvempi kuin magneettisen tallennuksen käyttäminen. Käynnistyslataimen suurin haittapuoli on se, että se käyttää osan pelimerkkejä rajoitetusta tilasta minimoiden ohjelmistolle käytettävissä olevan tilan.
Jotkut käyttäjät ovat olleet turhautuneita Arduino® -käynnistyslataimen rajoituksista ja turvautuneet ulkoisen ohjelmointilaitteen käyttämiseen käynnistyslataimen poistamiseksi ja uusien ohjelmien lisäämiseksi manuaalisesti. Vaikka tämä tekniikka lisää käytettävissä olevaa tilaa ja jonkin verran lisää ohjelmiston suoritusnopeutta, se on melko aikaa vievää eikä sitä suositella useimmille käyttäjille. Muut käyttäjät ovat kirjoittaneet vaihtoehtoisia Arduino® -käynnistyslataimia, joista osa on avoimen lähdekoodin ja saatavilla ilmaiseksi verkossa.