Sekä vakoiluohjelmat että virukset vahingoittavat tietokoneohjelmistoa tai haittaohjelmatiedostoja, mutta ne leviävät eri tavalla. Tärkeä ero tietokoneen vakoiluohjelmien ja virusten välillä on se, että vakoiluohjelmat siirtyvät tietokoneen toimintaan ja lähettävät usein tietoja käyttäjästä kolmannelle osapuolelle, kun taas virus ei. Toinen tärkeä ero on se, että toisin kuin vakoiluohjelmat, virus tekee usein kopioita itsestään ja yrittää levittää virusta muille tietokoneella. Vaikka molemmat voivat vaikuttaa tietokoneen toimintaan kielteisesti, vakoiluohjelmat pyrkivät harvoin vahingoittamaan järjestelmää, kun taas virukset aiheuttavat usein paljon pysyvää vahinkoa.
Vakoiluohjelmat ja virukset ladataan yleensä tietokoneelle ilman käyttäjän tietoisuutta ja niitä käytetään ilman käyttäjän tietämystä tai suostumusta. Vakoiluohjelmien tyypillinen toimitustapa on nippu muiden tiedostojen tai ohjelmien kanssa, jotka tietokoneen käyttäjä haluaa ladata. Vakoiluohjelmat hiipivät käyttäjän järjestelmään halutun materiaalin mukana. Virukset leviävät kuitenkin useimmiten sähköpostin liitteinä tai pikaviesteinä, vaikka ne voidaan piilottaa myös ladattuun materiaaliin.
Vaikka molemmat voivat vahingoittaa tietokonetta, toinen ero vakoiluohjelmien ja virusten välillä löytyy haittaohjelman ensisijaisesta tarkoituksesta. Vakoiluohjelmat on suunniteltu tallentamaan tietokoneen käyttäjän toimintaa ja välittämään tiedot kolmansille osapuolille. Se voi seurata henkilön tietokoneen käyttötapoja ja siirtää tiedot mainostajille ja muille. Toinen, vaarallisempi käyttö voi varastaa yksityisiä tietoja, kuten sähköpostiosoitteita, salasanoja, luottokorttinumeroita ja muita tärkeitä henkilötietoja, ja välittää ne hakkereille tai identiteettivarkaille.
Viruksen ensisijainen tarkoitus on kopioida ja levittää itseään. Se usein toistaa itsensä useita kertoja, jolloin tietokoneen resurssit kuluvat ja järjestelmä epäonnistuu. Toinen yleinen virustaktiikka on käyttää tietokoneen käyttäjän sähköpostiosoitetta ja lähettää kopiot itsestään kaikkiin osoitteisiin. Se voi myös yrittää käyttää muita lähetysmenetelmiä, joissa yksi tietokone kommunikoi toisen kanssa, kuten tiedostonjakopalveluissa ja pikaviesteissä. Vakoiluohjelmat eivät kopioi itseään eivätkä välitä itseään muihin tietokoneisiin tartunnan saaneella järjestelmällä.
Toinen ero vakoiluohjelmien ja virusten välillä liittyy tekijän aikomukseen. Vakoiluohjelmien tekijä haluaa yleensä kerätä tietoja, joita käytetään eri tarkoituksiin. Vakoiluohjelmisto tarvitsee käyttöjärjestelmän tämän suorittamiseksi, joten se vahingoittaa harvoin tietokonetta, vaikka se käyttää tietokoneen resursseja ja voi hidastaa sen toimintaa. Virukset on usein kirjoitettu tuhoisempiin tarkoituksiin, ja ne tekevät tietokonejärjestelmistä ja -verkoista usein käyttökelvottomia. Leviämisen jälkeen virukset aiheuttavat usein pysyviä vaurioita käyttöjärjestelmälle ja laitteistolle.