Prototyyppisovelluksen luomiseen voidaan käyttää monia menetelmiä, vaikka muutama vinkki voi helpottaa yleistä prosessia. Yksi tärkeimmistä prototyyppisovelluksen tekemiseen liittyvistä seikoista on keskittyä siihen, että ohjelma on vain prototyyppi riippumatta siitä, mitä menetelmiä noudatetaan, koska se voi olla helppo unohtaa ja tuhlata aikaa ja vaivaa koodaamalla ei ehkä koskaan käytetä. Prototyyppien kehittämisprosessin aikana kaikkien käytettävissä olevien kirjastojen ja nopean kehitystyökalujen käyttö voi vähentää merkittävästi aikaa, joka tarvitaan toimivan sovelluksen saamiseen. Joissakin tilanteissa voi olla tehokkaampaa luoda prototyyppi toisessa ohjelmassa, kuten laskentataulukko, jossa on komentosarjoja, joten käyttöliittymän tai järjestelmän pääominaisuudet ja suunnittelu voidaan näyttää ilman, että sinun on rakennettava väliaikainen kehys todelliselle sovellukselle .
Yleinen sudenkuoppa, joka voi ilmetä prototyyppisovellusten kehittämisen ja hienosäädön aikana, on menettää huomionsa siitä, että ohjelma on vain prototyyppi. Prototyypin luokkien ei tarvitse olla laajennettavia tai yleisiä, ja ohjelmointi voi useimmiten olla hyvin satunnaista ilman optimointia tehokkuuden, luettavuuden tai muistin käytön kannalta. Monissa tapauksissa prototyyppi hävitetään, kun varsinainen tuote alkaa koodata, joten ominaisuudet, kuten kehittyneet kuormaajat, tuki laajennetulle syötteelle ja jopa virheentarkistus, ovat tarpeettomia. Toinen näkökohta on, että prototyyppisovellus suoritetaan yleensä kontrolloiduissa olosuhteissa, joten dynaamisia asetteluja eri näytön koolle tai resoluutiolle ei myöskään yleensä tarvita.
Prototyyppisovellus todennäköisesti hävitetään tai kirjoitetaan kokonaan uudelleen sen jälkeen, kun asiakas on tehnyt muutokset ja hyväksynnät, joten kehitystä nopeuttavien työkalujen käyttäminen on tapa kehittää sovellus nopeasti. Näitä voivat olla kirjastot, joissa on korkean tason toiminnot graafisen käyttöliittymän (GUI) elementeille, ja jopa korkean tason visuaaliset kielet, jotka mahdollistavat elementtien lisäämisen vain muutamalla koodirivillä. Matalan tason ohjelmointia, vaikka sitä käytetäänkin lopullisessa sovelluksessa, tulisi välttää, koska joillekin muuten yksinkertaisille tehtäville tarvitaan paljon ohjelmointia ja suunnittelua.
Jotkut erityiset työkalut, jotka voivat auttaa prototyyppisovellusten käyttöönotossa, ovat visuaalisesti perustuvia graafisia käyttöliittymiä, automaattisia koodigeneraattoreita ja jopa olemassa olevia prototyyppiohjelmia monimutkaisemmille kokonaisuuksille, kuten vakiokyselykielipalvelimelle (SQL). Siinä tapauksessa, että lopullinen sovellus käyttää elementtejä, jotka ovat enimmäkseen ei-visuaalisia eivätkä sisällä paljon käyttäjän vuorovaikutusta, käyttämällä ohjelmaa, kuten esitystä tai dian suunnittelijaa, laskentataulukko-ohjelmaa tai jopa vain paperimallia sovellus voi olla sopiva. Hyvin vähän koodausta ja suunnittelua vaativien työkalujen käyttäminen prototyyppisovellusten kehittämiseen auttaa tekemään muutoksia nopeasti pyydettäessä ja voi lyhentää prototyyppikehitysvaiheessa käytettyä aikaa.