On olemassa useita erilaisia vinkkejä ja ehdotuksia vakoiluohjelmien ja virusten poistamiseksi tietokoneelta. Ajan tasalla olevan virustentorjuntaohjelman ylläpito on yksi tärkeimmistä vihjeistä vakoiluohjelmien ja virusten estämiseksi ja poistamiseksi. Kun tietokone on saanut tartunnan, vakoiluohjelmat tai virukset on usein poistettava tietokoneesta käynnistämällä järjestelmä turvallisessa tilassa tai levyltä. Vaikka se ei ehkä sovellu vakoiluohjelmien ja virusten poistamiseen tietokoneelta, yksi parhaista vihjeistä tietokoneen käyttäjille on harjoitella varovaisia tietokoneen käyttöä, jotta vältetään useimmat haittaohjelmat.
Vakoiluohjelmien ja virusten poistaminen voi olla yksi vaikeimmista ja epämiellyttävimmistä toimista, joita tietokoneen käyttäjän on koskaan tehtävä. Kun haittaohjelmisto on asennettu tietokoneeseen, sen poistaminen voi olla melko vaikeaa ja saattaa vaatia paljon vaivaa. Tietokoneeseen on asennettava erinomainen virustentorjuntaohjelma, ja tämä ohjelma on pidettävä ajan tasalla. Uusia viruksia ja vakoiluohjelmia löydetään hälyttävästi; jotta varmistetaan oikea vakoiluohjelmien ja virusten poistaminen järjestelmästä, kyseisen järjestelmän virustentorjuntaohjelman on kyettävä tunnistamaan tietokoneessa olevat uudet haittaohjelmat.
Haittaohjelmat onnistuvat usein paitsi muuttamaan tietokoneen toimintaa, myös piiloutumaan tietokonejärjestelmään ja vaikeuttamaan vakoiluohjelmien ja virusten poistamista. Tämä voidaan tehdä useilla eri tavoilla, mutta yksi yleisimmistä on se, että virusohjelma piilottaa asennustoiminnon itselleen käyttöjärjestelmän (OS) käynnistysprioriteettien puitteissa. Kun tämä on tehty, virus poistetaan tietokoneesta, virus asennetaan uudelleen, kun tietokone käynnistetään uudelleen ja käyttöjärjestelmä käynnistyy uudelleen. Tämän ongelman kiertämiseksi ja vakoiluohjelmien ja virusten poistamisen varmistamiseksi tietokone voidaan käynnistää vikasietotilassa tai käyttöjärjestelmän levyltä, joka ohittaa viruksen luoman asennusohjeen, ja käynnistää virustentorjuntaohjelman.
Niin kauan kuin kaikki kiintolevyn tärkeät tiedot on varmuuskopioitu, vakoiluohjelmien ja virusten poistamista voidaan myös helpottaa alustamalla asema uudelleen. Tämä on äärimmäinen toimenpide, mutta yksi tapa varmistaa, että haittaohjelmisto on poistettu. Yleensä on myös helpompi välttää vakoiluohjelmien ja virusten poisto kokonaan harjoittamalla turvallisia tietokoneita, etenkin kun käytät Internetiä. Outoja linkkejä ja epäilyttäviä sähköposteja tulee välttää, ja verkkosivustoja ja linkkejä skannaava virustentorjuntaohjelma voi myös olla varsin hyödyllinen.