Exokriiniset ja endokriiniset rauhaset, vaikkakin ovat jollain tavalla samanlaisia, palvelevat kehossa eri tarkoituksia. Exokriiniset rauhaset erittävät limaa tai proteiinia kehon ulkopuolelle, kun taas endokriiniset rauhaset erittävät hormoneja vereen. Eksokriinisten rauhasien tuottamia erilaisia aineita käytetään usein eri järjestelmien voiteluun, kehon vapauttamiseen haitallisista mikro -organismeista tai kehon lämpötilan säätämiseen. Toisaalta endokriiniset eritykset käytetään yleensä kehon monimutkaisessa viestintäjärjestelmässä ja voivat aiheuttaa erilaisia muutoksia kehon kemiaan. Vaikka sekä ulko- että sisäeritysrauhasia käytetään erilaisissa kehon prosesseissa, vain endokriiniset rauhaset pystyvät kommunikoimaan kehon etäisten järjestelmien kanssa.
Yksi tärkeimmistä eroista eksokriinisten ja endokriinisten rauhasien välillä on niiden sijainti kehossa. Suurin osa eksokriinisista rauhasista sijaitsee lähellä ihon pintaa tai kehon onteloissa, jotka johtavat kehon ulkopuolelle, kuten silmiin, nenään, suuhun tai sukupuolielimiin. Ruoansulatusjärjestelmässä on myös eksokriinisia rauhasia, joita löytyy koko pituudeltaan. Toisaalta endokriiniset rauhaset löytyvät usein syvältä kehosta. Lisämunuainen, joka sijaitsee munuaisten päällä, ja aivolisäke, joka löytyy aivoista, ovat kaksi tunnetuinta endokriinisen järjestelmän rauhasta.
Toinen ero eksokriinisten ja endokriinisten rauhasien välillä on niiden tarkoitus. Monet eksokriiniset rauhaset tuottavat limaa, limaista ainetta, joka on valmistettu glykoproteiineista ja vedestä ja jota käytetään elinten, kuten silmien ja ruokatorven, voitelemiseen ja haitallisten aineiden sieppaamiseen limakalvojen kautta. Jotkut näistä rauhasista erittävät proteiineja, jotka voivat auttaa ruoansulatusta. Ihon pinnan lähellä olevat eksokriiniset rauhaset vapauttavat hikeä, jota käytetään jäähdyttämään kehoa, jos sisäinen lämpötila nousee liian korkeaksi.
Sisäeritysrauhaset erittävät hormoneja, jotka ohjaavat monia kehon prosesseja. Aivolisäke on vastuussa kasvusta ja sukupuolikypsyydestä sekä monista muista prosesseista. Kun henkilö asetetaan vaaralliseen tilanteeseen, lisämunuaisen eritteet ohjaavat sydämen lyömään nopeammin ja verenpaineen nousemaan valmistautuessaan taistelemaan tai pakenemaan vaarasta. Nämä ja muut endokriinisen järjestelmän rauhaset vapauttavat hormoneja ihmisen verenkiertoon ja lähettävät viestejä, jotka voidaan vastaanottaa koko kehoon.