Refugium on muusta akvaariopopulaatiosta eristetty osasto, joka voi olla joko akvaarion sisällä tai ulkopuolella. Refugiumin tarkoitus on tarjota nimensä mukaisesti turvapaikka kaloille ja muille vesieliöille. Refugiumilla on kuitenkin samat vesiolosuhteet kuin muualla akvaariossa, joten se on ihanteellinen ominaisuus, jos tavoitteena on lopulta päästää eristetyt lajit pääsäiliöön.
Refugium voi olla hyödyllinen, jos vesieläinlaji, kuten kala, loukkaantuu ja saattaa tarvita erityistä suojaa akvaarion aggressiivisilta lajeilta. Usein loukkaantunut kala on hyökkäyksen ensisijainen kohde. Paras tapa pitää nämä kalat turvassa toipumisensa aikana on pitää ne eristyksissä. Joillekin akvaarioiden omistajille tämä on erittäin tärkeää, koska jotkut eksoottiset kalalajit voivat olla melko kalliita.
Refugiumia voidaan käyttää myös saaliin eristämiseen, kunnes se on valmis esitettäväksi kalakannalle kulutettavaksi. Tämä mahdollistaa saaliin sopeutumisen veteen; Jotkut kalat, jotka ohittavat tämän sopeutumisprosessin, ovat järkyttyneitä tullessaan veteen ja kuolevat ennenaikaisesti. Tämä ei ehkä kuulosta ongelmalta, koska saalis syödään joka tapauksessa, mutta jotkut erityisesti saalistusta varten mukautetut kalalajit eivät syö jo kuolleita saalislajeja. Siten joissakin tapauksissa refugium voi olla erittäin tärkeä akvaarion yleiselle terveydelle.
Refugiumit ovat erilaisia kuin useimmat muut akvaarionjakajat ja erottimet. Yleisessä kansankielessä jotkut kuitenkin käyttävät termiä viittaamaan kaikkiin akvaarioon sisältyviin jakajiin tai erottimiin. Silti useimmat refugiumit katsotaan sellaisiksi vain, jos niillä on erillinen osasto pääakvaarion ulkopuolella.
Akvaariosovellusten lisäksi refugiumeja voidaan käyttää myös vesiviljelyssä. Tällaisissa tilanteissa kaikilla refugium -yksiköillä on sama vesivirta, mutta jokainen refugium voi tehdä jotain hieman eri tavalla veden kanssa. Esimerkiksi joissakin tapauksissa tietyt lajit saattavat tarvita hitaampaa virtaa. Muut lajit saattavat tarvita nopeampaa virtaa. Refugiums voi auttaa säätelemään tätä. On huomattava, että refugioita käytetään usein sekä kasvien että eläinten elämään.