Järjestelmänvalvojaohjelmisto sisältää tyypillisesti laajan valikoiman ohjelmia järjestelmän toiminnan seuraamiseksi ja tapahtumien tai ongelmien ratkaisemiseksi. Yleisiä ohjelmia ovat työkalut, joita järjestelmänvalvoja voi käyttää etäpäätteen hallintaan, sekä ohjelmistot tilien ja salasanojen hallintaan. On olemassa erilaisia järjestelmänvalvojaohjelmistoja, joita käytetään varmuuskopiointi- ja palautustyökaluina, tietojen suojaamiseksi, ja ohjelmia, joilla varmistetaan suoja haittaohjelmilta. Muita työkaluja voivat olla apuohjelmat verkkojen perustamiseen ja seurantaan sekä niihin pääsyn valvontaan.
Monet järjestelmänvalvojaohjelmistot on kehitetty työkaluiksi, jotka toimivat verkossa olevien tietokoneiden kanssa. Tässä ominaisuudessa etätyöpöytäohjelmat voivat olla varsin tehokkaita. Tämän tyyppisen ohjelmiston avulla järjestelmänvalvoja voi hallita verkossa olevaa tietokonetta ja vianmäärityksen ohjelman avulla. Tällainen järjestelmänvalvojaohjelmisto voi jopa sallia täydellisen näppäimistön ja hiiren hallinnan, ikään kuin pääkäyttäjä todella istuisi etäpäätteessä.
On myös monia ohjelmia, jotka on suunniteltu järjestelmän tilien osoittamiseen ja hallintaan. Tämä voi sisältää järjestelmänvalvojaohjelmiston, jolla voidaan nopeasti luoda ja jakaa käyttäjätunnuksia ja asettaa oletussalasanoja. Muita suojaus- ja salasanavalvontatoimintoja voidaan sisällyttää, kuten ohjelmia, jotka skannaavat salasanoja löytääkseen heikot tai vaarantuneet ja lähettävät ilmoituksen järjestelmänvalvojalle.
Järjestelmän tietojen varmuuskopioimiseksi ja palauttamiseksi on kehitetty monia työkaluja ja ohjelmia. Tällainen järjestelmänvalvojaohjelmisto voi nopeasti luoda palautuslevyn tai tehdä täyden levyn kuvan varmuuskopiona. Järjestelmänvalvojat käyttävät myös yleisiä ohjelmia, kuten virustentorjuntaohjelmistoja ja roskapostisuodattimia, joilla varmistetaan verkkoon kuuluvien tietokoneiden turvallisuus. Tämäntyyppinen järjestelmänvalvojaohjelmisto voi olla samanlainen kuin yksinkertaisemmat suojaohjelmien versiot, mutta se voi skannata useita järjestelmiä samanaikaisesti ja välittää tietoja niistä yhdessä.
On myös ohjelmia verkkojen luomiseksi, mukaan lukien paikalliset verkot ja suuret verkot, jotka muodostavat yhteyden Internetiin ja palvelimiin paikallisen alueen ulkopuolella. Järjestelmänvalvojaohjelmistoa voidaan käyttää verkkoyhteyksien testaamiseen ja saapuvan ja lähtevän datan katsomiseen etsiäkseen hyökkäyksiä tai haittaohjelmia verkon sisällä. Järjestelmänvalvoja voi myös suorittaa verkossa testejä, joita kutsutaan tunkeutumistesteiksi, etsiäkseen päätelaitteita tai portteja, jotka voivat olla alttiita hyökkäyksille. Muita työkaluja voidaan käyttää laajempaan tietoturvatestaukseen, kuten ohjelmia, jotka käynnistävät hyökkäyksen verkkoon tai yrittävät hakkeroida salasanan.