Palvelinten virustorjuntaohjelmisto toimii samalla tavalla kuin yksittäisten tietokoneiden virustentorjuntaohjelmisto. Palvelinten virustentorjuntatyyppeihin kuuluvat reaaliaikainen skannaus, vakoiluohjelmien ja haittaohjelmien torjuntapaketit sekä täydelliset tiedostojen skannaus- ja poisto-ohjelmat. Jotkin virustentorjuntaohjelmat toimivat tietyillä palvelintyypeillä, kuten SQL- ja välityspalvelimilla. Suurin osa palvelimien virustorjuntaohjelmista valvoo aktiivisesti Internet -liikennettä ja tiedostonsiirtoja.
Tärkeä virustentorjuntaohjelmistotyyppi palvelimille on reaaliaikainen skannaus. Tämäntyyppinen ohjelmisto voi olla ominaisuus täydellisessä virussuojapaketissa tai erillisessä sovelluksessa. Reaaliaikainen skannausohjelmisto tutkii aktiivisesti kaikki Internetin ja intranet-viestintäporttien kautta välitettävät tiedostot ja viestinnät. Jos sovellus havaitsee uhan tai epäilyttävän IP -osoitteen, se estää sen tai asettaa sen karanteeniin.
Reaaliaikaisen skannausvirusohjelman asetukset voidaan määrittää organisaation tarpeiden mukaan. Verkon järjestelmänvalvojat ovat yleensä vastuussa siitä, millaisia virustentorjuntaohjelmia tarvitaan. Järjestelmänvalvoja voi mukauttaa skannaussovellusta etsimään tiettyjä tiedostotyyppejä ja IP -osoitteita. Useimmat palvelimelle tallennetut skannaussovellukset pystyvät tutkimaan kaiken liikenteen yksittäisillä koneilla, jotka on kytketty paikalliseen tai laajakaistaverkkoon.
Suosittu ja välttämätön virustorjuntaohjelmistotyyppi palvelimille on sovellus, joka etsii virusohjelmia kaikista tallennetuista tiedostoista. Useimpiin näihin ohjelmistopaketteihin kuuluva sovellus tutkii rutiininomaisesti jo olemassa olevia tiedostoja. Verkon järjestelmänvalvojat voivat asettaa sovellukselle tietyt ajat ja päivät, jolloin myös tarttuvat ohjelmat poistetaan olemassa olevista tiedostoista. Ohjelma antaa yleensä jonkinlaisen ilmoituksen järjestelmänvalvojalle, jonka on ehkä poistettava tartunnan saaneet tiedostot viruksen poistamiseksi kokonaan.
Ennakoivat skannaussovellukset ovat toisenlainen virustentorjuntaohjelmisto palvelimille. Tämäntyyppiset sovellukset etsivät palvelimia mahdollisten porsaanreikien varalta, jotka voivat tehdä niistä alttiita tunkeutumiselle. Mahdollisen haavoittuvuuden etsimisen lisäksi nämä sovellukset voivat tarjota sopivia korjauksia, jotka voivat vahvistaa palvelimen suojausta ei -toivottuja hyökkäyksiä vastaan.
Palvelinten virustorjuntaohjelmistot voidaan räätälöidä käytettävän palvelimen tyypin mukaan. Eri palvelinohjelmat aiheuttavat erilaisia yhteensopivuus- ja suojausongelmia. Esimerkiksi virustorjuntaohjelma voi häiritä palvelimen nopeusominaisuuksia. SQL- tai strukturoidut kyselykielipalvelimet voivat olla suuremmassa vaarassa, jos niitä käytetään julkisessa lähiverkossa tai ne käsittelevät sekä sähköposti- että Internet-liikennettä. Tästä syystä virustentorjuntaohjelmistopaketit, jotka sisältävät suojan useilta tunkeutumiskeinoilta, voivat olla sopivampia.