Shakespearen sonettiteemat tutkivat rakkauden, ikääntymisen, kauneuden, ajan, himon, käytännön velvoitteiden ja epäpätevyyden tunteita. Nämä teemat syntyvät Shakespearen kuvauksista hahmojen välisistä suhteista. Ne näkyvät myös hänen käyttämässään kerrontakielessä ja selityksissä puhujan sisäisistä tunteista. Muita Shakespearen sonettiteemoja ovat taistelu kollektiivisen yhteiskunnan hyväksymän ja yksilön toiveiden välillä.
Shakespearen runouteen kuuluu ajatus siitä, että kauneus katoaa ajan myötä, mikä tekee ihmisestä vähemmän toivottavan ja jonkin verran masentuneen oman olemassaolonsa suhteen. Ajatus yhdestä tuottavimmasta Shakespearen sonettiteemasta on, että lasten pitäisi syntyä kauneuden ylläpitämiseksi. Koska kyky ylläpitää ihanteellista ruumiinrakennetta ja houkuttelevaa ulkonäköä on mahdotonta, ainoa toivo on luoda seuraava sukupolvi, joka perii nämä ominaisuudet. Aika nähdään elinvoiman, arvon ja fyysisen identiteetin vihollisena.
Toinen Shakespearen sonettiteemoista keskittyy ajatukseen todellisen rakkauden ja yksinkertaisen seksuaalisen halun välisestä ristiriidasta. Runoilijan mielestä on usein hämmennystä kumpi on kumpi. Himo voi naamioida itsensä rakkaudeksi ja sekoittuu siihen helposti. On kiusaus pyrkiä visuaalisesti houkuttelevaan sen sijaan, että otettaisiin aikaa löytääkseen aitoja tunteita.
Shakespeare tutkii myös ajatusta siitä, että rakkaus tai rakkauden tunteet voivat olla haitallisia. Kirjailija kuvaa runoutensa kielellä romanttisiin suhteisiin osallistumisen emotionaalisia ja fyysisiä vaikutuksia. Sairaus on yksi seurauksista eron jälkeen syntyvien negatiivisten eristyneisyyden tunteiden lisäksi. Romanttisessa suhteessa on myös haavoittuvuusriski, koska yksilön elämä, päätökset ja itsekäsitykset tulevat riippuvaisiksi toisistaan.
Shakespearen sonettiteemojen sisällä on symbolien käyttö. Joitakin niistä ovat tähdet, puut, kukat ja sää. Esimerkiksi sään ja vuodenaikojen toistuvaa symbolia käytetään kommunikoimaan ihmisen tunteen takana olevan myrskyisän luonteen kanssa. Suhteet käyvät usein samantyyppisiä syklejä kuin säätavat, minkä Shakespeare havainnollistaa selvästi joidenkin jakeidensa kielellä.
Kirjailija käyttää tähtien symbolia kommunikoidakseen kohtalon ajatuksen. Sen sijaan, että hyväksyisi ajatuksen, että kohtalo on ennalta määrätty, Shakespeare tutkii ajatusta yksilön kyvystä luoda oma kohtalonsa. Kukat ja puut edustavat elämän ja kauneuden herkkää luonnetta. Jotenkin kauneuden omistaminen velvoittaa ihmisen hankkimaan lapsia ja varmistamaan suotuisammat olosuhteet tuleville sukupolville.