Freudilla ja Jungilla oli vuosikymmenien välinen suhde, kun Jung, nuorempi kumppani, oppi lisää Freudin tajuttomuusteorioista. Ehkä onneksi modernille psykologialle Jung myöhemmin hylkäsi joitakin Freudin teorioita ja nojautui omaan psykologiaan, jota hän kutsui analyyttiseksi. Molemmat miehet käyttivät tajuttoman käsitettä selittääkseen unia, mutta Jung käytti enemmän monikerroksista alitajunnan käsitettä. Ensisijaiset erot Freudin ja Jungin välillä ovat mielenkiintoisia havaita.
Tärkein skisma, joka erottaa kaksi psykiatria, liittyy uskontoon. Freud koki uskonnon olevan pako ja harha, jota ei saisi levittää. Hänen suhteensa uskontoon muistuttaa Karl Marxin suhdetta. Uskonto oli massojen “opiaatti”. Hänen uskonsa oli täysin mielen kyvyssä päästä käsiksi tajuttomiin ajatuksiinsa ja siten parantaa kaikki neuroosit.
Jung päinvastoin uskoi, että uskonto oli tärkeä turvapaikka yksilölle, kun hän aloitti yksilöintiprosessin, tutkien ja hyväksyen itsensä kaikki osat. Lisäksi uskonto oli viestintäväline kaikenlaisten ihmisten välillä, koska vaikka uskonnot erosivat toisistaan, arkkityypit ja symbolit pysyivät samoina.
Jung ei harjoittanut perinteistä kristillistä uskontoa, vaan kallistui okkultismin tutkimiseen. Joissakin Freudin kirjeissä hän syyttää Jungia antisemitismistä, joka ei perustu niinkään juutalaisuuden hyväksymiseen uskonnona vaan pikemminkin juutalaisten syrjintään. Jung kunnioitti juutalaisen elämän uskonnollisia puolia kuitenkin enemmän kuin Freudia.
Freud ja Jung olivat eri mieltä tajuttomuudesta. Freud piti tajuttomuutta kokoelmana kuvista, ajatuksista ja kokemuksista, joita henkilö kieltäytyi käsittelemästä, mikä johti neurooseihin. Jung lisäsi tähän määritelmään toteamalla, että jokaisella yksilöllä oli myös kollektiivinen tajuton, ryhmä jaettuja kuvia ja arkkityyppejä, jotka ovat yhteisiä kaikille ihmisille. Nämä kuplivat usein henkilökohtaisen tajuttomuuden pintaan. Unet voitaisiin tulkita paremmin ymmärtämällä yleisesti jaettujen symbolien symboliset vertailukohdat.
Freud uskoi, että miesten ja naisten toiminnan pääasiallinen liikkeellepaneva voima oli tukahdutettu tai ilmaistu seksuaalisuudella. Täyttämätön seksuaalisuus johti patologisiin tiloihin. Jung uskoi, että seksi oli vain yksi monista asioista, jotka ajavat ihmisiä. Vielä tärkeämpää on, että ihmisiä ohjaa heidän tarpeensa saavuttaa yksilöllisyys, kokonaisuus tai täydellinen tieto itsestään. Monet tunteet saavat ihmiset toimimaan psykologisesti epäterveellisillä tavoilla, mutta kaikki nämä tavat olivat kaipuuta halusta tuntea olonsa täydelliseksi.
Tajuttomana Freudille säilytettiin kaikki tukahdutetut seksuaaliset halut, mikä johti patologiseen tai mielisairauteen. Ainoastaan tajuttoman paljastamisen kautta ihminen voi selvittää, kuinka elää onnellisesti ja toipua mielisairaudesta. Jung päinvastoin koki, että tajuton pyrki usein yksinään kokonaisuuteen ja että mielisairaus ei ollut patologia, vaan tiedostamaton tunteiden säätely ja yksilöllinen yksilö.
Jungin mukaan terapeutin tavoitteena oli auttaa henkilöä tunnistamaan tajuttoman työ ja siten auttaa potilasta ymmärtämään, kuinka paremmin olisi pyrittävä yksilöllisyyteen, joka tuottaa “kokonaisen” ihmisen.
Vaikka Freud pyrkii erittäin mestarilliseen tapaan ryöstää tajuttomuutta kieltääkseen tukahdutetut tunteet, Jungin polku on paremmin myöhempien humanististen psykologien mukainen. Se inspiroi kokonaisvaltaista Gestalt -koulua ja myöhemmin terapeuttisia kouluja.
Ajatus tajuttomuudesta on yleensä lähes yleisesti hyväksytty, mutta Freud tai Jung eivät kuitenkaan kokeneet selityksen jälkeen jatkuvan terapeuttisen työn tarpeelliseksi. Myöhemmät psykoanalyyttiset koulut, kuten sellaiset, jotka muuttavat käyttäytymistä, ovat osoittautuneet menestyvämmiksi mielisairauksien hoidossa. Kun taustalla olevat tunteet on ymmärretty, työn tarkoitus on auttaa kumottamaan nämä tunteet ja korvaamaan ne positiivisemmilla ajatuksilla. Freud ja Jung jättävät tämän työn huomiotta. Olemme kuitenkin velkaa molemmille teoreetikoille heidän panoksestaan psykiatriaan. Itse asiassa heille myönnetään psykiatrian alan aloittaminen.