John Edgar Hoover on kiistanalaisin FBI -johtaja Yhdysvaltain historiassa. Vaikka häntä kunnioitettiin elämänsä aikana, kiista syttyi hänen kuolemansa jälkeen vuonna 1972. Joidenkin lähteiden mukaan J. Edgar Hoover käytti väärin auktoriteettiaan ja vainosi tiettyjä henkilöitä heidän poliittisten vakaumustensa eikä rikollisen toiminnan vuoksi.
1. tammikuuta 1895 syntynyt J. Edgar Hoover valmistui George Washingtonin yliopistosta oikeustieteen kandidaatiksi ja aloitti melkein heti työskentelyn oikeusministeriössä. Hänen nopea älykkyytensä ja korkea älykkyytensä antoivat heille useita ylennyksiä, ja vuoteen 1924 mennessä hänet oli nimitetty BOI: n (Bureau of Investigation), myöhemmin FBI: n, johtajaksi. Hän toimi pääjohtajana 49 vuoden ajan, mikä oli presidenttien ja lainvalvontaviranomaisten arvostama liike. Hänen kuolemansa jälkeen FBI antoi lain, joka rajoitti FBI: n johtajat kymmenen vuoden toimikaudeksi.
J. Edgar Hoover ansaitsi tunnustusta siitä, että hän otti kiinni toisen maailmansodan aikana Yhdysvaltojen rannikolla vaeltavat saksalaiset U-veneet. Hän oli myös vastuussa paremman, suuremman version luomisesta sormenjälkitiedostojärjestelmästä, mikä johti FBI -laboratorion perustamiseen. J. Edgar Hoover loi FBI: n koulutusakatemian ja keskittyi rekrytoimaan lisää agentteja viraston laajentamiseksi.
Toisaalta J. Edgar Hoover sai maineen poliittisesta vainosta, erityisesti niitä kohtaan, joita hän uskoi “syyllisiksi” kommunismin omaksumiseen tai rauhan häiritsemiseen. Tähän kuului monia ei-poliittisia henkilöitä, kuten Martin Luther King, Jr., Charles Chaplin ja Black Panther Party. J. Edgar Hooveria kritisoitiin myös suuresti siitä, ettei hän ollut syventynyt presidentti John F. Kennedyn murhaan. Vaikka FBI suoritti tutkimuksen, virasto kieltäytyi harkitsemasta salaliittoa, mikä sai muut uskomaan sisäpiiriläisten osallistumisen JFK: n kuolemaan. J. Edgar Hoover piti salaisia tiedostoja monista aikansa parhaista poliittisista johtajista, joita monet uskovat hänen käyttäneen hallitsemaan ja pelottamaan voimakkaita henkilöitä.
J. Edgar Hoover oli koko uransa ajan erittäin lempeä mafiaa kohtaan. Asiantuntijat ajattelevat, että tämä johtuu siitä, että eri mafiajärjestöillä oli tuomittavaa tietoa Hooverin salaisesta elämästä homoseksuaalina ja ristiinpukeutujana, jota he käyttivät kiristääkseen hänet alistumaan. Onko tämä totta vai ei, on ollut kiivaan keskustelun aiheena vuosikymmeniä ja on edelleen epäselvä.