Molybdeenin puute on hyvin harvinaista, ja sitä esiintyy, kun elimistöstä puuttuu tai se ei pysty hajottamaan molybdeenimineraalia. Tämä on mineraali, joka auttaa maksan vieroituksessa. Se toimii myös kofaktorina monissa entsyymeissä, jotka ovat välttämättömiä ihmiskehon toiminnalle. Kehon molybdeenivaatimukset ovat suhteellisen alhaiset muihin tarvitsemiinsa mineraaleihin verrattuna, eikä molybdeenin puutetta tavallisesti esiinny luonnollisissa olosuhteissa.
Useimmat molybdeenin puutteen tapaukset esiintyvät niillä, jotka ovat syntyneet ilman mineraalin hajottamiseen tarvittavaa entsyymiä, mikä johtaa hyvin harvinaisiin resessiivisiin aineenvaihduntahäiriöihin. On vain yksi hyvin dokumentoitu tapaus hankitusta molybdeenipuutoksesta. Potilaalle kehittyi nopea sydän- ja hengitystiheys, yösokeus ja hänestä tuli lopulta kooma.
Molybdeenin tarve ihmisillä on suhteellisen alhainen. Lisäksi molybdeenia voidaan saada helposti ruokavaliosta papuja, tummanvihreitä lehtivihanneksia ja tiettyjä jyviä. Itse asiassa molybdeenin puutetta ei ole koskaan havaittu täysin terveellä potilaalla. Suurin riski sairastua ovat potilaat, joille syötetään suonensisäisesti. Niille, jotka kärsivät molybdeenipuutoksesta, ruokavalion muuttaminen tai molybdeenilisien käyttö voivat kääntää tilan.
Vaikka nämä kaksi ovat yhteydessä toisiinsa, molybdeenin puutetta ei pidä sekoittaa molybdeenikofaktorin puutteeseen. Molybdeenikofaktorin puute on harvinainen aineenvaihduntahäiriö, jossa kehosta puuttuu ksantiinidehydrogenaasientsyymi, aldehydioksidaasientsyymi ja sulfiittioksidaasientsyymi. Näitä entsyymejä tarvitaan metaboloimaan ksantiinia, emästä, joka muuttuu virtsahapoksi, jota tarvitaan aivojen terveeseen toimintaan. Molybdeenikofaktorin puute voi aiheuttaa vakavia neurologisia oireita, kuten kohtauksia ja kooman.
Molybdeenillä mineraalina on useita etuja ihmiskeholle. Se on välttämätöntä maksan toiminnalle, auttaen maksan suodattamaan kehon verta. Molybdeeni säätelee kalsiumin, magnesiumin ja kuparin aineenvaihduntaa. Se helpottaa myös kehon rautaa, joka on välttämätöntä normaalille kasvulle ja kehitykselle. Molybdeeni on yhdistetty luun kasvuun ja pienentänyt hampaiden reikiintymisriskiä. Jotkut tutkimukset jopa yhdistävät tämän mineraalin alhaiseen maha- ja ruokatorven syövän riskiin.
Liika molybdeeni voi olla haitallista myös keholle. Suuri määrä molybdeeniä voi saada kehon käyttämään kuparia tai muuttamaan alkalisen fosfataasin aktiivisuutta. Jotkut liiallisen molybdeenin sivuvaikutukset ovat ripuli, anemia ja nivelten turvotus. Vaikka liiallinen molybdeenin saanti ei ole hyväksi keholle, se on yhtä harvinaista kuin molybdeenin puutos, koska elimistö erittää mineraalin nopeasti, jos sitä kulutetaan suuria määriä.