Ekosysteemin suojelu on kattava suunnitelma, jonka tavoitteena on säilyttää kaikki kasvi- ja eläinlajit maantieteellisellä alueella luonnonvarojen hallinnoinnin avulla. Vaikka monet suojelutyypit voivat keskittyä yhteen alueeseen, kuten ilman tai veden laatu, koko ekosysteemin suojelu ottaa kaiken huomioon. Tämä lähestymistapa vaatii usein monien eri alojen asiantuntijoita työskentelemään yhdessä yhteisen hyvän puolesta. Vaikka ekosysteemien säilyttäminen voi olla vaikea haaste, se voi myös olla yksi tuottavimmista resurssien säilyttämisen muodoista.
Tämäntyyppinen hoito- tai säilyttämisstrategia sisältää erityisiä toimia ekosysteemin suojelemiseksi. Ensimmäinen on ongelman tunnistaminen ja mahdollisten syiden etsiminen. Kun nämä asiat on tunnistettu, ratkaisu muotoillaan. Seuraava askel on usein julkinen koulutus tietoisuuden lisäämiseksi, tuen keräämiseksi ja varojen hankkimiseksi ehdotukselle. Suurin osa tähän suojelutapaan osallistuvista yrittää turvata sekä julkisen että yksityisen rahoituksen. Toteutus voidaan aloittaa vasta, kun rahoitus tai ainakin tietty prosenttiosuus siitä on varmistettu.
Ekosysteemien säilyttämisen perusajatus on, että kaikki järjestelmät liittyvät toisiinsa. Vaikka veden saastuminen voi olla erilaista kuin ilmansaaste tai maaperän saastuminen, niillä kaikilla on rooli kasvien ja eläinten elämässä tietyssä ekosysteemissä. Siksi, jotta alueen elävät organismit saisivat parhaan mahdollisuuden terveelliseen elämään, niitä kaikkia on käsiteltävä ja parannettava mahdollisimman paljon.
Ekosysteemin säilyttämismenetelmä on suorassa ristiriidassa menetelmien kanssa, jotka keskittyvät vain yhteen lajiin. Tällaisissa tapauksissa tavoite pelastaa tietty laji voi jättää huomiotta muut tärkeät tekijät, jotka vaikuttavat kyseiseen lajiin. Nämä muut tekijät olisivat voineet johtaa lajien vähenemiseen. Joissakin tapauksissa jopa lajin palauttaminen ei välttämättä tuota pitkäaikaista hyötyä ilman kattavampaa lähestymistapaa ekosysteemien hallintaan.
Yksi tyypillinen ekosysteemien säilyttämisen painopiste on prosessin yhdistäminen ihmisten tarpeisiin ja arvoihin. Vaikka tämä saattaa tuntua hieman itsestäänselvältä, tähän suojelutapaan osallistuvat ovat sitä mieltä, että ihmiset auttavat todennäköisemmin ympäristöä, kun he näkevät hyödyn. Näitä etuja voivat olla puhdas ilma ja juomavesi tietyn alueen ihmisille, ulkoilumahdollisuuksien lisääminen tai säilyttäminen ja jopa taloudelliset hyödyt. Kaikilla näillä voi olla rooli hallintohankkeen hyväksynnässä ja tuessa. Loppujen lopuksi myös ihmiset ovat osa ekosysteemiä.