Polkujuoksu on harjoitus, johon liittyy juoksemista jonkinlaista polkua pitkin. Monet ihmiset pitävät polkujuoksua parempana kuin teillä tai jalkakäytävillä, koska heidän ei tarvitse huolehtia autojen välttämisestä. Polut tarjoavat myös mielenkiintoisempaa maastoa ja ympäristöä juoksijalle. Vaihteleva maasto voi kuitenkin aiheuttaa joitain haittoja ja vaaroja; polut ovat usein märkiä, liukkaita tai muuten petollisia, ja on helppo eksyä tuntemattomille poluille. Jotkut juoksijat kuitenkin nauttivat haasteesta ja huomaavat, että vaihteleva maasto antaa täydellisemmän harjoituksen useille lihaksille.
Polkujuoksussa on monia etuja. Jotenkin se on turvallisempaa kuin juokseminen radalla tai tiellä tai jalkakäytävällä. Yleensä ei tarvitse huolehtia tietä käyttävistä autoista tai muista moottoriajoneuvoista. Polkujen pinta on usein pehmeämpi kuin kova tie tai jalkakäytävä, mikä rasittaa vähemmän luita. Polkujuoksu on myös paljon vähemmän yksitoikkoista kuin juokseminen radalla tai tiellä; vaihteleva maasto, kasvien elämä ja villieläimet tekevät visuaalisesti monipuolisemmasta juoksukokemuksesta.
On myös tärkeää huomata polkujuoksun vaikeudet ja vaarat; valmistautumaton juoksija voi joutua suuriin vaikeuksiin, jos hän ei ole tietoinen riskeistä. Polut ovat usein paljon eristyneempiä kuin tiet tai reitit, joten jos joku loukkaantuu reitillä, ryöstetään tai eläin hyökkää, voi olla vaikeaa saada apua. Polkujen epätasainen maasto voi myös aiheuttaa monenlaisia vaaroja, varsinkin kun se on kallioinen, juurten peitossa tai liukas ja märkä. Voidaan helposti kompastua tai luistaa ja murtaa luita tai vetää lihaksia. Tämä voi olla erityisen ongelmallista, jos joku on kaukana polun alusta ja häneltä puuttuu kaikki viestintävälineet.
Maastojuoksu tarjoaa hieman erilaisen harjoittelun kuin rata- tai maastojuoksu. Epätasainen maasto pakottaa käyttämään erilaisia lihaksia, jotka ovat yleensä käyttämättömiä tasaisessa maastossa. Se, missä määrin tämä pitää paikkansa, vaihtelee polun luonteen mukaan; jotkut polut ovat tasaisia ja kivettyjä, kun taas toiset ovat kapeita ja petollisia. Polkujuoksu pyrkii lisäämään lihasvoimaa ja kestävyyttä, koska monilla poluilla on jyrkkiä kaltevuuksia ja muita tällaisia vaikeita maastoja. Ratajuoksu parantaa lähinnä lihaskestävyyttä, koska se ei lisää uutta vastusta käytettyihin lihaksiin.