Vaikka monet juoksijat tuntevat paljain jaloin juoksemisen edut heti, muut juoksijat eivät välttämättä ole vakuuttuneita siitä, että harjoitus on turvallinen tai hyödyllinen, minkä vuoksi keskustelu kiihtyy. Jotkut tutkimukset ovat johtaneet siihen, että paljain jaloin juoksemiseen liittyvät edut sisältävät vähemmän jalkojen ja jalkojen rasitusta, kun taas toiset sanovat, että hyödyt ovat vähäisiä tai jopa olemattomia. Jalka liikkuu luonnollisemmin paljain jaloin kuin pehmustetussa kengässä, mikä voi vähentää pehmytkudosvammojen tai jopa murtumien riskiä jalassa.
Ehkä merkittävin paljain jaloin juoksemisen eduista on paljain jaloin juoksemisen aiheuttama pienempi isku. Pehmustetuilla kengillä juoksevilla ihmisillä on taipumus laskeutua kantapäässä juoksun aikana, mikä tarkoittaa, että huomattava määrä voimaa siirtyy jalkoihin ja jalkoihin. Paljain jaloin juoksijat pyrkivät kuitenkin laskeutumaan jalkapalloihin, mikä vaimentaa iskua perusteellisemmin ja estää saman voiman siirtymisen jalkoihin ja jalkoihin. Paljain jaloin juoksemisen hyödyt tässä tapauksessa tarkoittavat vähemmän loukkaantumismahdollisuuksia ja ennenaikaisen väsymyksen esiintymistä.
Pehmustettujen lenkkarien kanssa juoksu voi todella heikentää jalkaa tarjoamalla ylimääräistä tukea kaarelle ja kantapäälle. Heikompi jalka tarkoittaa enemmän loukkaantumisriskiä erityisesti jalassa ja nilkassa. Yksi paljain jaloin juoksemisen eduista on kyky vahvistaa koko jalan lihaksia, jänteitä, nivelsiteitä ja jopa rustoa, mikä vähentää vammojen todennäköisyyttä ja voi lisätä jalkojen ja jalkojen liikkuvuutta ja vakautta. Siirtyminen kengän ja paljain jaloin juoksemisen välillä on kuitenkin tehtävä huolellisesti ja vähitellen, koska heikentynyt jalka ei totu uuteen ympäristöön. Juoksijan kävelyä on ehkä säädettävä niin, että hän laskeutuu jalkapallon päälle juoksuessaan kantapään sijasta.
Yksi mahdollinen haittapuoli paljain jaloin juoksemiseen on altistuminen tekijöille sekä epätasainen tai epämiellyttävä maasto. Jopa sen jälkeen, kun jalkoihin on muodostunut kovettumia, juoksija on vaarassa saada puhkeavia haavoja maahan hajallaan olevista roskista, mikä voi puolestaan johtaa infektioihin, kuten jäykkäkouristukseen. Eri tyyppisten roskien juokseminen voi myös olla epämukavaa joillekin juoksijoille, ja muita vammoja, kuten tukkeutuneita varpaita, jotka voivat aiheuttaa murtumia, on suurempi. Erityiset pehmustamattomat kengät, joissa on yksittäiset lovet varpaille, on kehitetty mahdollistamaan jalan luonnollinen liike ja suojaamaan samalla roskilta.