Probiootit ja entsyymit toimivat rinnakkain ruoansulatuskanavassa. Molemmat hajottavat ruokaa, mikä auttaa parantamaan ruoansulatusta. Entsyymit menevät kuitenkin askeleen pidemmälle. Ne ravitsevat probiootteja ja auttavat heitä pysymään hengissä ja lisääntymään. Tämä johtuu siitä, että probiootit syövät sivutuotteita, jotka syntyvät, kun entsyymit sulavat kemiallisesti elintarvikkeita ja hajottavat ne yksinkertaisiksi ravintoaineiksi, jotka probiootit voivat helposti imeä.
Elintarvikkeita, jotka entsyymit ovat luoneet probioottien tukemiseksi, ovat rasvahapot, yksinkertaiset hiilihydraatit ja aminohapot. Ruoanvaihto probioottien ja entsyymien välillä sisältää myös erilaisia mineraaleja ja vitamiineja, joita entsyymit tuottavat. Näitä ravitsevia sivutuotteita tuottavia entsyymejä on yhdeksän eri tyyppiä. Ne toimivat ruoansulatuskanavan erikoisalueilla, kuten paksusuolessa, ohutsuolessa ja haimassa.
Proteaasia, amylaasia ja lipaasia pidetään kolmea tärkeintä ruoansulatusentsyymiä. Lipaasi pilkkoo lipideiksi kutsuttuja rasvoja ja tuottaa rasvahappoja tämän hajotuksen sivutuotteena. Amylaasin tehtävänä on kohdistaa tärkkelykset ja hiilihydraatit hajottamalla ne yksinkertaisiksi sokereiksi, jotka ovat riittävän perusperusteisia probioottien kuluttamiseksi. Proteaasi, erityisesti pepsiini -niminen proteaasientsyymi, pilkkoo proteiinit aminohappojen tuottamiseksi.
Toissijaisia ruoansulatusentsyymejä ovat sakraasi, maltaasi ja laktaasi. Laktaasi pilkkoo maitosokeria, joka tunnetaan myös nimellä laktoosi. Maltaasi vähentää kemiallisesti maltoosisokerin, joka tunnetaan nimellä maltoosi, glukoosiksi. Sakraasi pilkkoo sakkaroosia muodostaen joko fruktoosia tai glukoosia. Jäljellä olevia entsyymejä, hiilihydraasia, pektinaasia ja hemisellulaasia ei pidetä probioottien kannalta ratkaisevina, vaikka ne auttavat ihmiskehoa ruoansulatuksessa.
Kemiallisessa hajotuksessa syntyvät aminohapot ja tärkkelykset eivät ole hyödyllisiä vain probiooteille ja entsyymeille. Ihminen voi myös imeä tämän ravinnon elinten vuorausten kautta. Proteaasientsyymit palvelevat ensisijaisesti ohutsuolen probioottista laktobasillia, jossa aminohapot voivat kulkea kalvon läpi verenkiertoon. Samaan aikaan amylaasi on yhdistetty probiootteihin haimassa ja sylkirauhasissa, joissa amylaasin vapauttamat yksinkertaiset sokerit voivat imeytyä suun tai haiman kalvon läpi.
Vaikka sekä probiootit että entsyymit muuttavat ruoan energiaksi ruoansulatuksen kautta, se ei ole probioottien ensisijainen hyöty. Probiootit suojaavat immuunijärjestelmää ja lisäävät sen tehokkuutta poistamalla myrkkyjä ja haitallisia bakteereja. Vieroitusaineena probiootteja on kehuttu estämään sairauksia, jotka vaihtelevat allergioista paksusuolen syöpään. Nämä hyödylliset mikro -organismit voivat auttaa kehoa voittamaan haitalliset bakteerit, kuten salmonella ja E. coli. Mitä enemmän ruokaa he saavat entsyymeistä, sitä enemmän probiootteja voi lisääntyä ja suojella terveyttä.
Kun ihmiset ikääntyvät tai kärsivät sairaudesta, probioottien määrä kehossa voi romahtaa. Probiootteja ja entsyymejä sisältävät lisäravinteet voivat parantaa kehon hyödyllistä mikroflooraa. Niiden, jotka käyttävät lisäravinteita tai eläviä elintarvikkeita lisätäkseen probioottien ja entsyymien määrää kehossa, on yleensä pysyttävä johdonmukaisina, koska sekä probiootit että entsyymit tyhjenevät säännöllisesti elimistössä ja ne on täydennettävä.
Jotkut täydentävien probioottien ja entsyymien kriitikot väittävät, että entsyymit, erityisesti proteaasi, tuhoavat joitain proteiinipohjaisia probiootteja. Monet tutkimukset kuitenkin vastustavat tätä väitettä. Haitallisen vuorovaikutuksen välttämiseksi monet ravitsemusterapeutit ehdottavat, että entsyymit otetaan ennen ateriaa ja probiootit sen jälkeen.