Parhaan maito- ja munaproteiinijauheen valinta riippuu monista olosuhteista, mukaan lukien allergeeniset reaktiot ja kunkin jauheen käsittelymenetelmät. Monta kertaa ihmiset päättävät valita proteiinijauheen, joka sisältää sekä maitoa että munaproteiinia tehostaakseen ja saamansa proteiinin määrää, mutta tämä ei välttämättä lisää etuja, jotka johtuvat proteiinijauheen mukana olevista ainesosista. Kehonrakennuslisä, joka tukee lihasten kasvua, on valittava tarjoamaan sopivia ravintoaineita sekä lihaksille että koko kehon järjestelmälle. Jotkut haluavat ostaa maitoa ja munaproteiinijauhetta orgaanisina versioina torjunta -aineiden ja luontaisten ainesosien välttämiseksi, mutta mikään tutkimus ei ole osoittanut, että tämä lisää lihasvoimaa tai -massaa.
Sekä maito- että munaproteiinijauheet voivat tarjota erinomaisen täydellisen proteiinin lähteen, joka sisältää kaikki elimistölle välttämättömät aminohapot. Munat ja maito ovat kuitenkin erittäin allergisia, joten ne eivät ole sopivia proteiinin lähteitä niille, jotka ovat herkkiä jollekin tuotteelle. Laktoosi, maidosta löytyvä luonnollinen sokeri, voi aiheuttaa lukuisia haittavaikutuksia kehossa niille, jotka ovat laktoosiherkkiä tai intolerantteja, kuten kouristuksia tai ihottumaa. On aina parasta lukea ostetun maidon ja munaproteiinijauheen ainesosat varmistaaksesi, ettei aineessa ole negatiivisia reaktioita aiheuttavia aineita.
Toinen hyvä tapa valita paras maito- ja munaproteiinijauhe on selvittää, sisältääkö tuote lisättyä sokeria parannettavuuden lisäämiseksi. Keho ei tarvitse sokeria missään määrin, ja se voi itse asiassa vähentää lihas- ja luumassaa. Jotkut valmistajat voivat sekoittaa sekä maitoa että munaproteiinijauhetta yhteen sen sijaan, että myyvät niitä erikseen, jotta jauhe olisi paljon proteiinipitoisempi. Tämä voi kuitenkin osoittautua valmistajan harhakuvaksi, koska yksittäiset annoskoot voivat sisältää saman määrän proteiinijauhetta kuin yksittäiset maito- tai munaproteiinijauheet.
Terveet yksilöt, jotka haluavat ostaa proteiinijauheen, voivat päättää ostaa sellaisen, joka on sertifioitu orgaaninen tai joka ei ole käsitelty kemikaaleilla ja torjunta -aineilla eikä sisällä keinotekoisia lisäaineita. Tämä vähentää torjunta -aineiden kuormitusta kehossa, mutta mikään näyttö ei tue tätä reittiä proteiinijauheen tehokkuuden lisäämiseksi. Proteiinijauheiden on osoitettu lisäävän ja ylläpitävän lihasmassaa riippumatta siitä, onko se orgaanista vai ei. Orgaaniset proteiinijauheet voivat sisältää myös sokeria, joten on tärkeää lukea ainesosan etiketti.