Bacillus thuringiensis (Bt) on maaperässä asuva bakteeri, jota esiintyy luonnossa myös joidenkin kasvien pinnalla ja joidenkin toukkien suolistossa. Sitä käytetään yleisesti torjunta -aineena puutarhoissa. Bacillus thuringiensisilla ei ole juurikaan vaikutusta ihmisiin, villieläimiin ja hyödyllisiin hyönteisiin, ja siksi sitä pidetään ympäristöystävällisenä.
Vuonna 1901 japanilainen biologi Shigetane Ishiwata löysi ensin Bacillus thuringiensiksen, jota hän kutsui Bacillus sottoksi. Bakteerin löysi uudelleen vuonna 1911 saksalainen biologi Ernst Berliner, joka antoi sille nykyisen nimen Saksan Thüringenin kaupungin mukaan. bakteeri liittyy läheisesti Bacillus cereukseen, toiseen maaperässä asuvaan bakteeriin, ja Bacillus anthracisiin, joka aiheuttaa pernaruttoa.
Bacillus thuringiensis -bakteeria on käytetty torjunta -aineena 1920 -luvun lopulta lähtien, mutta sitä ei käytetty laajalti vasta 1960 -luvulla, mikä johtuu todennäköisesti diklooridifenyylitrikloorietaanin (DDT), laajalti käytetyn torjunta -aineen, ongelmista 20 -luvun alussa. DDT on erittäin myrkyllistä vesieläimille, linnuille ja nisäkkäille, myös ihmisille. Se on yhdistetty astmaan, syöpään, diabetekseen, neurologisiin ongelmiin ja lisääntymisongelmiin ihmisillä, eikä se hajoa helposti.
Bacillus thuringiensis näyttää olevan turvallinen ihmisille ja villieläimille. Sitä ruiskutetaan yleensä viljelykasveille, mutta 1980 -luvulta lähtien jotkut kasvit, mukaan lukien tupakka-, maissi- ja puuvillalajit, on kehitetty geneettisesti B. thuringiensis -myrkkyjen ilmentämiseksi, mikä mahdollistaa torjunta -aineiden käytön vähentämisen. Tämä geneettinen muutos estää hyönteisten, jotka eivät ole viljelykasvien saalistajia, vahingoittumisen, ja tuottaa suuren toksiinin annoksen kaikille kasveja syöville tuholaisille. Joitakin B. thuringiensis -bakteerin käytöstä aiheutuvia ongelmia ovat toksiinille vastustuskykyisten tuholaisten kehittyminen ja Bacillus thuringiensis -kasvien herkkyys toissijaisille tuholaisille, joita toksiini ei kohdista.
Bacillus thuringiensiksen käyttöön viljelykasveissa liittyy myös muita mahdollisia ongelmia, vaikka ne ovatkin kiistanalaisia. Jotkut tutkijat ovat väittäneet, että B. thuringiensis -maissikasvit ovat mahdollisesti kohtalokkaita hallitsijaperhoselle. Toinen kiistanalainen väite B. thuringiensis -muunnettua maissia vastaan on, että se saastuttaa luonnollisen maissipopulaation.
Viime aikoina jotkut tutkijat ovat ehdottaneet mahdollista yhteyttä Bacillus thuringiensiksen ja pesäkkeen romahtamishäiriön (CCD) välillä, ilmiötä, jossa työmehiläiset katoavat yhtäkkiä pesäkkeestään. CCD on maailmanlaajuinen vakava maatalouskysymys, koska mehiläiset ovat pölyttäjiä monille tärkeille viljelykasveille. Mikään B. thuringiensisin käyttöä koskevista huolenaiheista ei ole perusteltu, mutta niitä ei ole myöskään kiistetty myönteisesti, ja toksiinin pitkän aikavälin vaikutuksia koskeva tutkimus on käynnissä.