Puukellari on valmistettu puuseinistä betoniesteen tai kaadetun sementin sijasta. Suuria käsiteltyjä puita käytetään tukemaan käsiteltyjä puulaattoja, jotka muodostavat kellarin seinät. Käytetty pääasiassa Yhdysvaltojen pohjoisosassa, puukellarissa on osoitettu olevan suuri kilpailu muuraustyyppisille kellareille. Vain painekyllästettyä puutavaraa käyttävä tyypillinen puukellari kestää 100 vuotta.
Kun rakennat kotia istumaan puukellarissa, ensimmäinen valmistelu on sama kuin betonikellarissa. Kellarin reikä kaivetaan ja jalat asennetaan. Kun pohja on kiinnitetty, suuret puut asetetaan paikoilleen. Ensimmäiset lankkujen rivit naulataan puita vasten, jotta ne pysyvät paikoillaan. Kun puukellarin pääkehys on paikallaan, loput lankut naulataan paikoilleen ja muodostavat kellarin seinät. Seinälaudat ovat yleensä ura-lankkuja, jotka lisäävät seinien lujuutta.
Valmistuttuaan puukellarin ulkopinta on maalattu vedeneristävällä aineella, mikä tekee kellarista vesitiiviin. Kylmässä ilmastossa puukellarin sisäseinät on peitetty lasikuitueristeellä ja viimeistelty sitten kuivaseinällä tai ohuella vanerilla. Lämpimässä ilmastossa monet asunnon omistajat haluavat kiinnittää puiset hyllyt puukellarin puiden väliin, mikä tarjoaa kätevää säilytystilaa uhraamatta lattiatilaa. Seiniltä vaaditaan vain satunnainen hyönteis- tai vesivahinkojen tarkastus.
Märkässä ilmastossa kellarin alla ja sen ympärillä oleva asianmukainen viemäröinti on kriittistä, jotta vesi ei pääse vuotamaan kellarin puuseinien ohi. Väärin suunniteltu vedenpoistojärjestelmä, joka sallii veden kerääntymisen seinien pohjaan, voi aiheuttaa vesiongelman. Öljypumppujen sijoittaminen kellarin suurivirtaisiin kulmiin voi estää tämän. Toistuvaa vesivuotoa voidaan käsitellä levittämällä vedeneristysainetta kellarin sisäseiniin.
Joitakin puisia kellarikerroksia käytetään likaisten lattioiden kanssa. Tätä kutsutaan usein “Michiganin kellariksi” sen yleisyyden vuoksi Yhdysvaltojen osavaltiossa. Tämän tyyppisessä kellarissa sementtilaatat kaadetaan tyypillisesti uunin, kuumavesilämmittimen ja muiden kalusteiden sijoittamiseksi rakenteeseen. Joissakin tapauksissa asunnon omistajat haluavat käyttää laitteita vain tiilien tai lohkojen avulla. Tämän tyyppinen kellari toimii hyvin myös vihannesten varastointiin talvi- ja kesäkuukausina.