Luonnollinen tuholaistorjunta käsittää tekniikat ja ratkaisut tuholaisten torjumiseksi ilman mahdollisesti myrkyllisiä aineita. Tähän otsakkeeseen kuuluu monia tuholaistorjuntamenetelmiä, mutta luonnollinen tuholaistorjunta sisältää usein orgaanisten materiaalien käytön tuholaisten torjumiseksi. Joskus elintarvikkeita, joita ihmiset syövät tai keittävät, käytetään myös tuholaisten torjuntaan. Luonnollinen tuholaistorjunta voi sisältää jopa tiettyjen kasvien käytön tuholaisten populaatioiden estämiseksi. Joissakin tapauksissa siihen voi liittyä jopa yhden hyönteistyypin käyttö toisen populaation hallitsemiseksi.
Luonnollisella tuholaistorjunnalla tavoitteena on vähentää ja valvoa tuholaisten populaatioita vahingoittamatta ympäristöä. Jotkut ihmiset voivat esimerkiksi käyttää valkosipuliöljyä tai pippurisumutetta tuholaisten torjumiseksi. Nämä ratkaisut eivät todennäköisesti aiheuta sairauksia tai saastuta vettä, kun ne imeytyvät maahan kemiallisten torjunta -aineiden tavoin.
Jotkut ihmiset jopa käyttävät ruokaa pitämään tuholaiset poissa luonnollisesti. Esimerkiksi jotkut puutarhanhoitoasiantuntijat väittävät, että kurkkujen viipalointi ja viipaleiden asettaminen puutarhaan voi auttaa pitämään tuholaiset poissa. Rypsiöljy voi olla jopa hyödyllinen tietyntyyppisten puutarhatuholaisten torjunnassa.
Yksilö voi myös käyttää hyönteisiä torjumaan tuholaisia puutarhassaan. Jos hänellä on esimerkiksi ongelmia tietyn tyyppisen tuholaisen kanssa, hän voi oppia, mitkä hyödylliset hyönteiset syövät tuholaisen puutarhassaan. Jos nämä hyönteisten saalistajat eivät todennäköisesti vahingoita hänen puutarhaansa tai tulevat itse tuholaisiksi, hän voi valita asuttaa puutarhansa heidän kanssaan. Aikanaan nämä hyönteisten saalistajat voivat auttaa pitämään puutarhan tuholaisten populaation alhaisena.
Joskus kasveja käytetään myös luonnolliseen tuholaistorjuntaan. Esimerkiksi kehäkukat voivat auttaa torjumaan tuholaisia ihmisen puutarhasta. Itse asiassa jotkut ihmiset tekevät ratkaisun murskatusta kehäkukasta ja käyttävät sitä torjumaan tuholaisia koko puutarhassaan. Lisäksi kehäkukat auttavat houkuttelemaan hyödyllisiä hyönteisiä puutarhaan. Esimerkiksi siivet ja loiset ampiaiset houkuttelevat kehäkukkia.
On myös joitain luonnollisia tuholaistorjunta -aineita, joita voidaan käyttää sisätiloissa. Piimaa, joka on makean veden olentojen fossiileista valmistettu jauhe, on yksi esimerkki yleisesti käytetystä, luonnollisesta tuholaistorjuntatuotteesta. Jauhe on hankaavaa ja vahingoittaa sen kanssa kosketuksiin joutuvien vikojen eksoskeletonia. Kun tämä kehon peite on vaurioitunut, vian keho kuivuu ja vika kuolee. Tätä luonnollista tuotetta voidaan käyttää siellä, missä viat todennäköisesti ryömivät, sekä piilopaikoissaan.