Cypress bonsai -hoito voi riippua valitusta puulajista, koska bonsai -koulutukseen on saatavilla yli 100 erilaista sypressikantaa. Cypress bonsain suosittuja versioita ovat Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, japanilainen Hinoki – Chamaecyparis obtuse ja japanilainen Sawara – Chamaecyparis pisifera. Toinen yleinen sypressi -bonsai, jota suositellaan aloittelijoille, vaikkakaan ei todellinen sypressilaji, on kalju tai suo -sypressi – Taxodium distichum. Sypressipuiden hoito voi siksi vaihdella, koska jotkut pitävät parempana kuivia ilmasto -olosuhteita, kuten japanilainen Hinoki, ja jotkut ovat kotoisin suoalueilta ja mieluummin jatkuvasti kosteaa ympäristöä, kuten kalju sypressi. Pääsääntöisesti sypressipuita on kuitenkin helppo kasvattaa bonsaiina, joten niistä on tullut erittäin suosittu valinta vuodesta 2011 lähtien, ja ne ovat puita, jotka suosivat täyttä auringonvaloa ja säännöllistä lannoitusta.
Useimmat sypressipuutyypit ovat suhteellisen kestäviä, joten ne tekevät hyviä bonsai -yksilöitä, koska puun sopeuttaminen bonsai -elämäntapaan voi olla puulle stressaavaa. Kastelutiheyden suhteen Hinoki -sypressi on laji, joka vaatii kuivimpia olosuhteita. Hinokin maaperän tulisi olla kostea suurimman osan ajasta, mutta se on kuivuutta sietävä laji, joka voi selviytyä kylmemmistä ja kuivemmista olosuhteista kuin muut sypressibonsai. Tällä spektrillä Sawara -sypressi vaatii enemmän vettä, koska se on kotoisin kosteilta alueilta, ja kalju sypressi vaatii lähes jatkuvaa kostean maaperän tilaa, koska se on kotoisin suilta. Sawara- ja Kalju -sypressipuut voivat myös kuolla, jos ne altistuvat kylmille olosuhteille, ja ne on talvehdettava kasvihuoneissa.
Bonsai voi yleensä olla alttiimpia tuholaisten ja sairauksien hyökkäyksille kuin vastaavat luonnossa, koska niitä viljellään rajoitetusti. Vaikka Hinoki -puu on melko vastustuskykyinen tuholaisille ja sairauksille, Sawara- ja Kalju -sypressit hyökkäävät usein juurikirvojen kimppuun, ja niillä on herkkiä oksia, jotka on leikattava puristamalla sormilla leikkaamisen sijaan puiden tarpeettoman vahingoittumisen estämiseksi. Lawson-sypressi, joka on yksi suosituimmista kasvatetuista sypressibonsai-kannoista, vaatii myös jatkuvasti kosteaa maaperää, kuten Sawara, mutta ei vettä sisältäviä olosuhteita, joista kalju sypressi yleensä nauttii. Yksi kasvavista olosuhteista, joka on yhteinen kaikille suosituille sypressibonsaille, on se, että he kaikki suosivat täyttä auringonvaloa, mikä usein tarkoittaa, että itse bonsai -astiat ovat parhaiten ylläpidettyjä ulkona.
Kalju sypressi on saanut nimensä siitä, että se on ainutlaatuinen lehtipuu, joka menettää neulaa muistuttavat lehdet talvella. Lehdet muuttuvat ensin oransseiksi ja sitten ruskeiksi, mikä muissa sypressibonsai -osissa viittaisi siihen, että puu kuolee. Kalju sypressissä tämä on luonnollinen syksyn tapahtuma. Kaljuksen sypressin oikean vedenpinnan määrittäminen voidaan tehdä myös katsomalla uusien lehtien roikkuvia vaikutuksia, mikä osoittaa, että se tarvitsee enemmän vettä.
Myös sypressibonsai -istutusta suositellaan toistettavaksi kahden tai kolmen vuoden välein kaikille lajeille, vaikka jotkut kasvavat nopeammin kuin toiset. Hinokilla on taipumus kasvaa hitaimmin, joten sitä voidaan istuttaa harvemmin kuin Sawara -lajikkeita. Kalju sypressi kasvaa nopeimmin ja voidaan istuttaa turvallisesti joka vuosi. Koska sypressi -bonsai -kuori voi olla herkkä, on myös huolehdittava puiden johdotuksesta kasvamaan tiettyihin muotoihin. Kun lanka kiristyy, se tulee irrottaa ja korvata löysemmillä käämillä tai ei lainkaan.