Puutarhureille on saatavilla useita luonnollisia torjunta -aineita hyönteisten torjumiseksi, mutta suhteellisen vähän luonnollisia rikkakasvien torjunta -aineita rikkaruohojen tai muiden invasiivisten kasvien hävittämiseen. Se, mitä on olemassa, voi tehdä enemmän haittaa kuin hyötyä, jos sitä sovelletaan väärissä olosuhteissa. On kuitenkin kasveja, jotka toimivat luonnollisina rikkakasvien torjunta -aineina, kuten esimerkiksi mustapähkinä, auringonkukka, nurmikko ja täplikäs ruoho. Nämä kasvit erittävät kemikaaleja, jotka voivat tappaa toisen lähistöllä kasvavan kasvilajin. Tiettyjen tällä tavalla toimivien kasvien prosessia kutsutaan allelopatiaksi.
Tutkijat ovat erittäin kiinnostuneita kasvien allelopaattisista ominaisuuksista, koska luonnollisista rikkakasvien torjunta -aineista vastaavat kemikaalit voidaan usein eristää ja puhdistaa kaupalliseen käyttöön. Esimerkiksi tiedemiehet pystyivät ottamaan katekiiniksi kutsutun rikkakasvien torjunta -aineen läiskäisen rikkakasvin juurista. Tämä kemikaali voidaan syntetisoida laajemmassa mittakaavassa ja soveltaa useisiin muihin invasiivisiin kasveihin. Monet tällaiset rikkakasvien torjunta -aineet ovat valikoivia, mikä tarkoittaa, että niiden kemikaalit tappavat vain tietyt kasvit, eivät kaikkea, mihin ne koskettavat.
Toinen suosittu luonnollinen rikkakasvien laji on musta pähkinäpuu. Puiden lehdistä uutettuja öljyjä käytetään usein kaupallisesti tuotetuissa rikkakasvien torjunta-aineissa. Luonnonmukaisesti toimivat puutarhurit voivat myös käyttää auringonkukista löytyviä kemikaaliuutteita.
Muita luonnollisia rikkakasvien torjunta -aineita käytetään pääasiassa rikkaruohojen kasvun torjumiseen kaupallisella nurmella, kuten golfkentillä ja asennetuilla nurmikoilla. Näitä rikkakasvien torjunta-aineita pidetään ennen esiintymistä, mikä tarkoittaa, että ne tuhoavat muita kasveja itämisvaiheessa, ennen kuin kasvi voi perustaa juuret. Yksi on maissigluteenijauho, joka kehitettiin alun perin sienen kasvatusväliaineeksi. Tutkijat havaitsivat, että se estää myös muiden kasvien, erityisesti rikkakasvien ja ruohojen, itämisen, joten sitä levitetään yleensä nurmikoille itämisvaiheen aikana, viikkoja ennen kuin ensimmäinen ruoho tai rikkaruohon varsi ilmestyy.
Tutkimus luonnollisempien rikkakasvien torjunta -aineiden löytämiseksi on käynnissä. Jotkut maatalouden asiantuntijat ovat havainneet allelopaattisia ilmiöitä tavallisissa viljelykasveissa, kuten talirukissa ja vehnän oljessa. Ruis kasvien tiedetään vaikuttavan esimerkiksi tiettyjen vihannesten kasvuun. Jotkut tutkijat uskovat, että rukiin peitekasvi tai ainakin rukiin sisältävä peittävä multaa voisi tappaa rikkaruohot soijapapujen välillä. Viljapohjaisia rikkakasvien torjunta-aineita voitaisiin muuttaa tappaakseen invasiiviset kasvit ja säästäen samalla tärkeitä viljelykasveja.
Luonnolliset rikkakasvien torjunta -aineet saattavat kuulostaa houkuttelevammilta kuin niiden kemialliset vastineet, mutta ne ovat silti myrkyllisiä aineita, jotka voivat vaikuttaa ihmisiin ja karjaan. Niiden käyttö voi vaatia samoja turvatoimia kuin kaupallisten rikkakasvien torjunta-aineiden käyttö, joten niitä käyttävien ihmisten ei pitäisi koskaan sekoittaa termiä “orgaaninen” ja “myrkytön”.