Ehkä paras tapa puhdistaa kylpylä on tyhjentää se jokaisen käytön jälkeen, mutta tämä ei yleensä ole mahdollista eikä ympäristöystävällistä. Kylpyammeista peräisin olevia bakteereja voi kehittyä kylpyammeessa, joten kylpylän desinfiointiainetta on käytettävä tappamaan mahdollisesti haitalliset bakteerit ja pitämään kylpylän laitteet kunnossa. Kloori on ehkä yleisimmin käytetty kylpylän desinfiointiaine, ja vaikka se on tehokas tappamaan bakteereja, se voi olla ankara iholle ja silmille. Saatavana on myös muita vaihtoehtoja, kuten bromia, eikä bromi ole yhtä syövyttävää iholle kuin kloori.
Kloori kylpylän desinfiointiaineena on melko edullinen ja se on helppo lisätä kylpylään nopeasti ja tehokkaasti. Se tappaa suurimman osan kylpyammeessa olevista bakteereista ja voi jopa auttaa puhdistamaan sameaa vettä jossain määrin. Jokainen, joka on uinut kylpytynnyrissä tai uima -altaassa, tunnistaa kuitenkin kloorin erottuvan tuoksun. Tämän kylpylän desinfiointiaineen haju voi olla ylivoimainen ja epämiellyttävä, ja kloori todennäköisesti kuivattaa uimareiden ihon ja aiheuttaa kutinaa ja jopa punoitusta. Kloori voi myös aiheuttaa polttavaa tunnetta silmissä, joten monet kylpijät yrittävät välttää klooria aina kun mahdollista.
Bromi on hyvä vaihtoehto kloorille kylpylän desinfiointiaineena. Se on myös melko edullinen ja helppo lisätä kylpyveteen, ja toisin kuin kloori, bromi pysyy aktiivisena vedessä paljon pidemmän ajan. Vaikka bromilla voi olla haju, se ei yleensä ole niin ylivoimainen kuin kloorin haju. Ehkä suurin bromin haittapuoli on sen taipumus alentaa veden pH -tasoa. Tämä tarkoittaa sitä, että kylpylän omistajan tai laitetta ylläpitävän henkilön on käytettävä enemmän aikaa kylpylän veden seurantaan ja pH -tason säätämiseen, jotta se pysyy turvallisena ja mukavana.
Mineraalipuhdistimet ovat suhteellisen uusia kylpylän desinfiointivaihtoehtoja, ja ne ovat vähemmän syövyttäviä iholle, puhumattakaan poikkeuksellisen pitkäikäisistä. Tämäntyyppiset desinfiointiaineet tulevat yleensä tikun muodossa ja ne asetetaan kylpylän suodattimiin. Yksi suurimmista haitoista tämän tyyppisessä kylpyläpuhdistusaineessa on hinta: mineraalipuhdistimet ovat todennäköisesti paljon kalliimpia kuin kloori ja bromi. Vaikka ne voivat olla tehokkaita tappamaan bakteereja, ne voittavat todennäköisemmin kuin kloori ja bromi, mikä tarkoittaa, että vesi ei ehkä ole yhtä luotettavasti puhdasta.