Endofyytti on organismi, joka elää kasvin sisällä; termi tarkoittaa kirjaimellisesti “kasvien sisällä”. Jotkut ovat luonteeltaan loisia ja hyödyntävät kasveja ravinteiden tai energian lähteenä, kun taas toiset muodostavat keskinäisen suhteen isäntiensä kanssa ja suorittavat tehtävän, josta on hyötyä isäntäkasville. Esimerkiksi endofyytti voi erittää kemiallisia yhdisteitä, jotka estävät muita kasveja, mikä poistaa resurssikilpailun isäntäkasvista.
Endosymbioosin käytäntö, kuten tiedetään, on suhteellisen yleinen luonnossa, ja se näyttää olevan myös erittäin vanha. Pienemmät organismit elävät suurempien sisällä erilaisissa olosuhteissa, valtamerien syvyyksistä korkeimpien vuorten kiviin. Hyvin tunnettu esimerkki endosymbioosista on jäkälä. Jäkälä on itse asiassa kahden eri organismin yhdistelmä: sieni ja endosymbiotti, kuten levät tai sinilevät.
Endofyyttien osalta tunnetuin esimerkki on luultavasti ruohoheinä. Jotkut fescue ovat asuttaneet sieniä, jotka näyttävät tekevän ruohoista vahvempia, kestävämpiä ja kestäviä kovaa ilmastoa. Ei vain sitä, vaan karja suosii entsyymiä, jossa on endofyytti, mikä viittaa siihen, että sieni antaa lisäravintoarvoa tai makua, mikä tekee siirtokunnasta houkuttelevan eläimille. Lukuisia tutkimuksia on suoritettu sen selvittämiseksi, kuinka sienillä kolonisoitu ruoho kasvaa, ja selvittääkseen kolonisoidun ja tartunnan saamattoman ruohon välisen eron.
Tutkijat ovat aina kiinnostuneita uusien endofyyttien tunnistamisesta ja niiden vaikutuksista kasveihin, joissa he elävät. Keskinäisten suhteiden tapauksessa endofyytit voivat olla erittäin arvokas selviytymisväline niiden kanssa kolonisoiduille kasveille, koska organismi hyödyttää kasvia jollakin tavalla kolonisaation kautta. Endofyyttinä toimiva laji voi liikkua kasvipopulaation läpi monin eri tavoin riippuen kasveista ja organismeista.
Bakteerit ja sienet ovat yleisimpiä endofyyttejä. Molemmat ovat riittävän pieniä asuakseen mukavasti isäntäkasvin sisällä, ja molemmat ovat myös kuuluisia sopeutumiskyvystään ja valmiudestaan hyödyntää tilanteita, joista voi olla hyötyä. Sienet ja bakteerit voivat myös tuottaa erilaisia eritteitä, jotka voivat sisältää myrkkyjä sekä hyödyllisiä yhdisteitä. Keskinäisen suhteen luominen on hyödyllistä molemmille lajeille, mikä lisää niiden mahdollisuuksia selviytyä pitkällä aikavälillä varmistamalla, että sekä endofyytti että kolonisoitu kasvi kykenevät selviytymään erilaisissa ympäristöissä.