Munakoisot kuuluvat samaan perheeseen – yökerhoihin tai solanaceae – tomaateiksi, paprikoiksi ja perunoiksi, ja niihin vaikuttaa useita samoja tuholaisia. Yleisimmät munakoisotuholaiset ovat kovakuoriaisten, vikojen ja punkkien ryhmiä. Nämä tuholaiset kuluttavat lehdet ja imevät kasveista elämää ylläpitävän mehun. Munakoisot ovat myös alttiita erilaisille bakteeri- ja sienitaudeille, jotka aiheuttavat kuihtumista ja mätänemistä. Vihannesten kasvattaminen puutarhassa tuottaa tuoreita, terveellisiä tuotteita, mutta vaatii asiantuntevaa tuholaisten ja tautien hallintaa runsaalle sadolle.
Yksi ilmeisimmistä munakoisotuholaisista on lehtiä syövä Colorado-perunankuoriainen. Tämä raidallinen kovakuoriainen ja sen toukka kuluttavat perunoiden, paprikoiden ja tomaattien lehdet. Pienet hämähäkki punkit ovat yksi ryhmä munakoisotuholaisia, jotka imevät munakoisojen mehut heikentäen kasveja. Nämä tuholaiset löytyvät lehtien alapuolelta. Ne ovat aktiivisimpia kesän loppupuolen kuivien ja kuumien aaltojen aikana, ja niitä voidaan estää kastamalla munakoisot riittävästi.
Kirppukuoriaiset ovat ryhmä pieniä hyönteisiä, jotka ovat kaikkien solanaceae -kasvien yleisiä tuholaisia. Ne ovat erityisen haitallisia munakoisoille, joita he pitävät parempana. Toukat syövät kehittyvistä juurista, kun taas aikuiset hyökkäävät kasvien maanpäällisiin osiin. Munakoisojen pitsivirheet ja pienet kirvat ovat munakoisotuholaisia, joilla on erikoistuneet suun osat tunkeutumaan kasveihin ja imevät niiden mehut. Tartunta voi heikentää kasveja ja estää kukinnan tai kasvun hidastumisen.
Munakoisot ovat myös alttiita bakteeri- ja sienitaudeille. Verticilliumin kuihtuminen johtuu maaperän sienestä ja johtaa pieniin, kuihtuneisiin kasveihin, jotka lopulta kuolevat. Kukkien loppumätä on toinen sienitauti, joka aiheuttaa kypsyvien hedelmien putoamisen. Munakoisot ovat myös alttiita bakteerien kuihtumiselle, joka tappaa useimmat tartunnan saaneet kasvit. Useat lajit vaikuttavat kehittyviin hedelmiin tai koko kasveihin, mikä lopulta aiheuttaa hedelmien menetyksen tai koko kasvin tuhoutumisen.
Suojataksesi tätä lämpimän sään satoa, kaulusten ja rivisuojien käyttö voi auttaa estämään varhaisia tartuntoja. Useat tarkastukset ja hyönteismyrkkyjen käyttö voivat vähentää tuholaisten vaikutusta kypsiin kasveihin. Kiertyminen munakoisojen puutarhassa vuosittain auttaa myös vähentämään munakoisojen tuholaisia ja sairauksia. Hyönteisten saalistajien, kuten leppäkerttujen, käyttäminen punkkien torjunnassa ja rukoilijasirkka suurempien hyönteisten varalta on monien puutarhureiden käyttämä strategia. Onnistunut tuholaistorjunta on keskeinen askel munakoisojen terveen sadon varmistamisessa.