Jos koti rakennetaan puukellarilla, se tarkoittaa lähinnä sitä, että talossa on puupohja eikä kaatettu betoni- tai kivikellari. Puukellarin etuja ovat halvemmat rakennuskustannukset, pylväiden tai palkkien helpompi vaihto ja mahdollisuus käyttää materiaaleja uudelleen, jos talo puretaan milloin tahansa. Puusta valmistettu kellari ei kuitenkaan ole yhtä kestävä vesivahinkoja kuin betoni, ja puu todennäköisesti mätänee useiden vuosien altistumisen jälkeen kosteudelle. Tämän tyyppinen kellari ei myöskään ole yhtä johdonmukainen kuin betonikellari, mutta jos se on rakennettu oikein, se on riittävän vahva kestämään kodin painon.
Puukellari on vesieristettävä perusteellisesti, jotta kosteus ei pääse kotiin. Tämä voi olla kallista ja aikaa vievää, ja se estää puukellarin edut betoniin verrattuna. Betonikellarin rakentaminen on aluksi kalliimpaa, ja se vie enemmän aikaa kuin puusta tehdyn kellarin valmistuminen, mutta kun vedeneristys on otettu huomioon, kustannukset ja ajan vertailu ovat melko tasaisia. Puusta valmistetut kellarit ovat monipuolisempia kuin betonikellarit, ja puukellareihin on helpompi tehdä muutoksia niiden rakentamisen jälkeen, mutta ne vaativat enemmän huoltoa pitkällä aikavälillä.
Vaikka puukellarit riittävät varmasti talon painon kestämiseen, laudat todennäköisesti vääntyvät ajan mittaan niiden yläpuolella olevien materiaalien painon alle. Betoni ei solki painon alla, jos se kaadetaan oikein, mutta se saattaa halkeilla useiden vuosien altistuksen jälkeen kosteudelle ja vaihteleville sääolosuhteille. Betoni on myös vähemmän altis maaperän kosteudelle kuin puu; puuta on käsiteltävä ja käsiteltävä uudelleen useiden vuosien jälkeen, jotta se ei kestä kosteutta maasta. Jos koti sijaitsee alueella, jolla on huomattavia hyönteisväestöjä, puu on myös altis hyönteisten ja jyrsijöiden aiheuttamille vaurioille.
Ihanteellisessa puusta valmistetussa kellarissa on betonilaatta ja vedenpitävä kerros puun ja maan välissä. Tämä poistaa maaperän kosteuteen vaikuttavan ongelman lattian alla, ja vedeneristys auttaa pidentämään kellarin seinien käyttöikää. Tällainen vedeneristys voi kuitenkin olla kallista, joten betoninen kellari voi olla yhtä hyvä valinta. Esteettisesti puukellarit ovat paljon houkuttelevampia, ja kipsilevyn ripustaminen tai kellari -ikkunoiden asentaminen on paljon helpompaa, mutta tämä mukavuus maksaa.