Yleisiä papukaijamutaatioita esiintyy linnun värissä, raidoissa ja kuvioissa. Harvinaisempia mutaatioita ovat papukaijan pään päällä oleva harja tai koko kasvojen musta raita. Samankaltaisilla mutaatioilla voi olla yksi tai useita mutaatioita, mikä tekee pitkän luettelon mahdollisista vaihteluista papukaijan ulkonäössä.
Luonnollisessa elinympäristössään papukaijojen perusväri on vihreä. Vankeudessa kasvattajat kasvattavat papukaijoja, joilla on monia eri värejä ja merkintöjä. Vankeudessa kasvatetut ja lemmikeinä myydyt ovat usein värikkäitä undulaatteja tai undulaatteja.
Valkoinen ja keltainen ovat budgerigar -papukaijojen kaksi pääväriä. Perusväri tunnistetaan yleensä linnun pään mustien raitojen väreissä tai nokan ja silmien ympärillä olevissa höyhenissä. Mutaatiot aiheuttavat papukaijan värin voimakkuuden ja sävyn. Valkoisia pohjoisia papukaijoja sekoitetaan usein vaalean sinisen, syvän sinisen ja violetin sävyihin. Keltaisessa pohjassa on keltaisen, vaaleanvihreän, oliivin tai syvän vihreän sävyjä.
Raidassa on muita papukaijamutaatioita. Yksi raidallisten mutaatioiden tyyppi on kaneli. Tämä mutaatio tekee raidoista siivissä ja päässä ruskehtavan värin mustan sijaan. Myös papukaijan rungossa on joskus kanelia.
Opaliiniliuska ja kaksinkertainen tekijä on myös esimerkkejä raidan mutaatioista. Opaliinimutaation tunnusmerkkejä ovat ohuemmat mustat raidat ja paksummat valkoiset alueet pään takaosassa. Pyöreä mutaatio tarkoittaa, että yleensä mustat höyhenkärjet ovat valkoisia. Kaksinkertaiset tekijämutterit voivat aiheuttaa papukaijan olevan kiinteä keltainen tai valkoinen.
Papukaijamutaatioita, jotka näkyvät suurempina kuvioina, kutsutaan piediksi. Mutaatioissa kiinteä perusväri löytyy alueilta, joilla on yleensä merkinnät. Nämä kiinteät alueet tunnetaan myös kirkkaina höyheninä.
Papukaijalla, jolla on hallitseva tarra -mutaatio, on kiinteä väri pään tai siipien alueilla, joilla on yleensä mustat merkinnät. Toinen esimerkki on resessiivinen papukaijamutaatio. Tällaisessa mutaatiossa on yksivärisiä höyheniä kaikkialla paitsi alaselässä siipien välissä ja juuri hännän yläpuolella. Kolmatta tyyppistä papukaijamutaatiota kutsutaan kirkaslennoksi, mikä tarkoittaa, että papukaijalla on kirkas tai kiinteä väri sen höyhenissä.
Jotkut harvinaisemmista papukaijamutaatioista aiheuttavat ainutlaatuisia vaikutuksia. Esimerkiksi harjakkaalla papukaijalla on pienet höyhenet pään päällä, jotka voivat näyttää sotkuiselta peruukilta. Mustanapaisella papukaijalla on mustat raidat, jotka peittävät sen kasvot ja joskus koko kehon. Jotkut papukaijamutaatiot ovat erilaisia kehon kummallakin puolella. Toisella puolella voi olla sinisiä höyheniä, kun taas toisella puolella on esimerkiksi keltainen, ja raidat tai kuviot voivat myös vaihdella kummallakin puolella.