Missä tahansa ympäristössä, joka voi olla biomi, ekosysteemi tai ekosysteemien kokoelma, on yleensä erilaisia lajeja, jotka muodostavat elävät organismit kyseisessä ympäristössä. On myös luontaisia luontotyyppimuodostelmia ja -ominaisuuksia, jotka ovat ainutlaatuisia kyseiselle paikalle, ja ne kaikki edistävät herkkää tasapainoa, joka on säilytettävä elinympäristön harmonisen olemassaolon jatkamiseksi. Biologisen monimuotoisuuden ja suojelun välinen yhteys liittyy siihen, että suojelu on määrätietoista ja yhteistä työtä, jolla pyritään ylläpitämään, korjaamaan ja edistämään haluttua tasapainoa elinympäristössä. Pyrkimykset biologisen monimuotoisuuden säilyttämiseksi kohdistetaan yleensä johonkin tiettyyn osaan yhtälöstä, joka muodostaa elinympäristön tai ekosysteemin, joka koetaan olevan jonkinlainen uhka erilaisten luonnon tai ihmisen aiheuttamien tekijöiden vuoksi.
Yksi tavoista, joilla biologinen monimuotoisuus ja suojelu liittyvät toisiinsa, liittyy lajien sukupuuttoon johtavien suuntausten kääntymiseen. Kun havaitaan, että tietyn lajin jäsenten lukumäärä on laskenut hyvin alhaiselle tasolle, suojelutoimet kohdistetaan sellaisten stressitekijöiden poistamiseen, jotka ovat tämän suuntauksen syy. Esimerkki parhaillaan suojeltavasta lajista on jättiläinen panda. Osa syy jättiläispandojen vähäiseen määrään johtuu niiden luonnollisen elinympäristön menettämisestä teollistumisen ja muunlaisten ihmisten tunkeutumisen vuoksi historialliseen luontotyyppiinsä. Suurin suojelutekniikka, jota käytetään jättimäisten pandojen määrän jyrkän vähenemisen kääntämiseen, on luonnollista elinympäristöä simuloivien suojelualueiden, kuten eläintarhojen ja riistansuojelualueiden, perustaminen.
Biologisen monimuotoisuuden ja suojelun välinen yhteys ei rajoitu eläinten suojeluun. Esimerkki toisesta suojelukohteesta sisältää luonnolliset koralliriuttojen muodostumat. Näillä koralliriutoilla on tärkeä rooli meren ekosysteemissä, mutta erilaisten luonnollisten ja keinotekoisten tekijöiden vuoksi joidenkin suurten koralliriuttojen yleinen terveys eri puolilla maailmaa heikkeni. Tämä johti meribiologien ja muiden asianomaisten ympäristöaktivistien kohdennettuihin ponnisteluihin koralliriuttojen palauttamiseksi normaaliin tilaansa. Useimmiten suojelutoimia rahoittavat eri hallitukset, tai ne voidaan rahoittaa lahjoituksilla tai hyväntekeväisyysjärjestöillä, jotka on perustettu erityiseen tarkoitukseen ekosysteemin tietyn piirteen säilyttämiseksi. Tämä yritys eri asianosaisten välillä osoittaa lisäksi biologisen monimuotoisuuden ja suojelun välisen suhteen.