Miesten ja naisten lisääntymisjärjestelmät ovat kehittyneet eri erikoisuuksia varten, mutta samaan tarkoitukseen: lasten tuottamiseen. Koko naisen lisääntymisjärjestelmä on kehon sisällä, kun taas suuri osa miehestä on kehon ulkopuolella. Toiminnallinen ero näiden kahden järjestelmän välillä on se, että naisen on tarkoitus vauvata vauvaa, kun se kasvaa tarpeeksi selviytyäkseen maailmassa, ja miehen oma on siittiöiden toimitusjärjestelmä. Myös järjestelmien yksittäiset komponentit eroavat toisistaan.
Naisten lisääntymisjärjestelmä on täysin sisäinen, poistumis- ja sisäänkäyntipisteet emättimessä. Yksi merkittävimmistä eroista miesten ja naisten välillä on miesten sukuelimet kehon ulkopuolella. Ulkoympäristön alhaisemmat lämpötilat auttavat pitämään siittiöt terveinä ja estämään kehon sisältämän lämmön aiheuttamia vaurioita.
Naisella on erilliset aukot virtsaa ja kuukautisia ja yhdyntää varten, kun taas miehellä on vain yksi aukko virtsaan ja siemennesteeseen. Vaikka emättimen ulkoiset osat ovat yleensä täynnä verta yhdynnän aikana, miehen peniksessä on paljon ilmeisempi laajentuminen. Näin hän voi käyttää penikseen toiminnallisista syistä ja asettaa sen emättimeen.
Sekä miesten että naisten lisääntymisjärjestelmät tuottavat hormoneja, mutta hormonit eroavat toisistaan. Naiset tuottavat enemmän naishormoneja, kuten estrogeenia, ja miehillä on enemmän testosteronia. Nämä hormonit tuottavat laaja-alaisia vaikutuksia kehoon, kuten toissijaisten seksuaalisten ominaisuuksien, kuten rintojen tai leveiden hartioiden, kehittymistä. Molemmat lisääntymisjärjestelmät alkavat tuottaa yhä enemmän hormoneja murrosiässä.
Naisilla munat ovat jo varastoituneet munasarjoihin syntyessään, ja munat vapautuvat joka kuukausi. Miehet puolestaan tekevät uusia siittiöitä säännöllisesti. Naisten lisääntymisjärjestelmä vaatii kuukausittaisen ajan kohdun limakalvon uusimiseksi, kun taas miespuolinen järjestelmä ei vaadi säännöllistä huoltoa samalla tavalla.
Rakenteellisesti naisten lisääntymisjärjestelmä on alue syntymättömän vauvan pitämiseksi ja hoitamiseksi. Lisäksi se on tila, jossa naisen munat voivat sekoittua miehen siittiöiden kanssa ja tuottaa uuden ihmisen, jolloin nainen voi siirtää osan geeneistään seuraavalle sukupolvelle ja mies voi tehdä saman. Miesten lisääntymisjärjestelmä ei sisällä biologisia laitteita, jotka voivat tukea uutta vauvaa. Sen sijaan se on siittiöiden tuotanto- ja jakelujärjestelmä.