Downer -naudat ovat lehmiä, jotka eivät voi kävellä vamman tai sairauden vuoksi. Monet maatalouden asiantuntijat suosittelevat alakarjan teurastamista inhimillisenä vastauksena heidän tilaansa. Downer -lehmiä pidetään mahdollisina hullun lehmän taudin lähteinä, kuolemaan johtava sairaus, jonka asiantuntijat sanovat voivan tarttua ihmisille, jotka kuluttavat tartunnan saanutta lihaa. Vuonna 2008 American Meat Institute, National Meat Association ja National Milk Association anoivat Yhdysvaltain maatalousministeriöltä USDA: lta hallituksen asettaman kiellon myydä kaatuneiden lehmien lihaa ihmisravinnoksi, mutta kattavaa kieltoa ei ole toistaiseksi hyväksytty.
Lehmän loukkaantuminen voi aiheuttaa sen kaatumisen tai halkaisun. Usein poikimisongelmat ovat tärkein syy. Jos lehmän synnytys on vaikeaa suuren vasikan tai huonosti sijoitetun vasikan takia, se voi aiheuttaa halkeilua tai kyvyttömyyttä käyttää takajalkoja. Downers voi johtua myös jalka murtumat, useimmiten astuu gopher tai preeria koiran reikään. Lisäksi vaikeat matkat teurastamoon voivat jättää lehmät vammautuneiksi. Jos asianmukaista ruokavaliota ei oteta huomioon, lehmistä tulee alttiimpia kalsiumin puutteelle ja niillä on todennäköisemmin murtumia tai luunmurtumia. Lehmät voivat usein toipua näistä vammoista, varsinkin jos he pystyvät vielä istumaan, mutta useimmat teurastetaan.
Monet sairaudet voivat aiheuttaa karjaa, varsinkin jos ne jäävät hoitamatta. Lehmistä, jotka kärsivät utaretulehduksesta, kohdun infektioista, syövästä tai kroonisesta keuhkokuumeesta, voi pian tulla alamäkiä. Tutkimukset osoittavat, että syöpätasot nousevat nautojen keskuudessa, ja jotkut asiantuntijat viittaavat siihen, että vaikuttava tekijä voi olla naudan yhdistelmähormoni (rBGH), jota käytetään maidontuotannon lisäämiseen. Tämän tiedon perusteella monet maat ovat kieltäneet rBGH: n käytön kokonaan.
Tammikuussa 2008 United States Humane Society julkaisi videoita, joissa esitettiin graafisia kuvia alaeläinten hyväksikäytöstä. Chinossa Kaliforniassa sijaitsevassa teurastamossa otetuista videoista nähtiin, että sairastuneet ja laihtuneet lehmät olivat sähköiskussa ja työntekijöiden suihkuttamat suuritehoisilla vesisuihkuilla. Lisäksi video herätti vakavia huolenaiheita siitä, että sairaita nautoja käytetään ihmisravinnoksi. Yhdysvaltain hallituksen nykyinen asetus sallii alalihan käytön vain, jos eläinlääkäri on tarkastanut eläimen varmistaakseen, että ongelma johtuu luunmurtumasta eikä sairaudesta. Huolimatta kongressiedustajien, eläinsuojeluryhmien ja lihateollisuuden virkamiesten yrityksistä muuttaa sääntöjä ja kieltää liha, joka on kaadettu, USDA jatkaa alkuperäistä politiikkaansa.
Pelko lihan tartunnan saaneista alaeläimistä johtuu pääasiassa siitä, että naudan taudit voivat siirtyä ihmisille lihan kulutuksen kautta. Hullun lehmän tauti, naudan spongiformisen enkefaliitin yleinen nimi, on kuolemaan johtava sairaus, joka aiheuttaa aivojen ja selkäytimen rappeutumisen. Tutkimukset viittaavat siihen, että sairaus tarttuu ihmisiin, jotka syövät sairastunutta lihaa. Vuodesta 2008 lähtien maailmanlaajuisesti on todettu noin 200 ihmisen tartuntatapausta.
Oikeiden elinolosuhteiden, ruokavalion ja nopean lääkärinhoidon varmistaminen kaikille sairaille lehmille on välttämätöntä niiden terveyden ylläpitämiseksi. Maitokuumeen, vähäkalsiumisen oireyhtymän uskotaan aiheuttavan lähes 40% kaikista alaseläimistä. Jotkut tutkimukset ovat osoittaneet, että niistä lehmistä, joita hoidettiin kuuden tunnin kuluessa maitokuumeen oireiden alkamisesta, vain 2%: sta tuli pysyvä alamäki. Monet asiantuntijat uskovat, että paras tapa välttää alamäkiä on asianmukainen ennaltaehkäisevä hoito ja varotoimet.