Toiminnalliset johtajat, jotka tunnetaan myös nimellä linjapäälliköt, voivat hallita tietyn osaston tai koko organisaation suorituskyvyn arviointeja. Projektipäälliköt raportoivat yleensä tämän tason johtajille, vaikka jotkin organisaatiot yhdistävät nämä kaksi tehtävää. Tässä tilanteessa johtaja valvoisi myös tiettyjä hankkeita organisaation yleisten tarpeiden lisäksi.
Tämän työn jonkun tehtävät ja vastuut riippuvat siitä, onko organisaatiossa projektipäällikkö. Näissä kahdessa tehtävässä työskentelevillä henkilöillä on taipumus tehdä tiivistä yhteistyötä, mutta heidän roolinsa vaihtelevat tietyn yrityksen kulttuurin ja tarpeiden mukaan.
Yleensä projektipäällikkö raportoi toiminnalliselle johtajalle, joka antaa sitten linkin ylimmälle johdolle. Tämä ylemmän tason johtaja myös yleensä hallinnoi ja ohjaa projektin loppuun saattamiseen tarvittavia resursseja. Tästä syystä vahva yhteistyö ja viestintä molempien tehtävien työntekijöiden välillä on ratkaisevan tärkeää avoimien hankkeiden oikea -aikaisen ja tehokkaan toteuttamisen kannalta. On myös tärkeää, että molemmat johtajat ymmärtävät selkeästi roolinsa, jotta vältetään tarpeettomat konfliktit.
Jos organisaatiossa on molempia johtajatyyppejä, toiminnallinen johtaja valvoo yleensä kaikkia projekteja sen sijaan, että sillä olisi erityinen rooli niiden toteuttamisessa. Tässä tehtävässä hän varmistaa, että kaikki projektit ovat organisaation yleisten tavoitteiden ja filosofian mukaisia. Organisaatiota, jossa on molemmat tehtävät, kutsutaan usein erittäin toimivaksi.
Nämä johtajat voivat myös valvoa tiettyä osastoa. Tässä roolissa oleva henkilö valvoo yhtä tai useampaa hanketta, jotta ne noudattavat sekä organisaation yleisiä tarpeita että osaston erityisvaatimuksia. Tämä sisältää tyypillisesti resurssien asianmukaisen jakamisen ja järjestämisen siten, että kaikkien osapuolten tarpeiden välillä on terve tasapaino johtajista hankkeeseen määrättyihin työntekijöihin.
Jos nämä kaksi roolia yhdistetään, tehtävään voi sisältyä kaikkea organisaation tarpeiden noudattamisen varmistamisesta osastojen vaatimusten ja projektin yksityiskohtiin. Voi olla jopa useita hankkeita, joista toiminnallinen johtaja olisi vastuussa. Jos erillistä asemaa ei ole, organisaatiota kutsutaan usein erittäin projisoiduksi.