Termille ekosysteemien hallinta on monia erilaisia määritelmiä, mutta kaikissa on kaksi yhteistä teemaa. Ensinnäkin ekosysteemin hallinnan tulisi joko ylläpitää tai parantaa ekosysteemiä. Toiseksi, johdon tulisi tarjota tuotteita tai palveluja ekosysteemin nykyisille ja tuleville käyttäjille.
Ekosysteemi koostuu kaikista lajeista, ihmiset mukaan lukien, jotka elävät tietyssä fyysisessä ympäristössä. Se koostuu elävistä ja elottomista komponenteista, jotka toimivat vuorovaikutuksessa muodostaen vakaan ja itsestään pysyvän järjestelmän. Ekosysteemi on vakaa siinä mielessä, että se voi sopeutua muutoksiin sisältä ja jatkaa itseään jatkuessaan ilman ihmisten tai muiden lajien häiriöitä. Esimerkkejä ekosysteemeistä ovat havumetsät Pohjois -Amerikassa, merilevämetsät ja trooppiset sademetsät.
Jos tietty osa ekosysteemistä poistetaan nopeammin kuin sitä voidaan täydentää, koko järjestelmä voi olla vaikeuksissa. Tämä voi johtua uuden lajin hyökkäyksestä tai siitä, että ihmiset käyttävät ja hyödyntävät osaa ekosysteemistä. Ei ole väliä, mikä osa ekosysteemistä poistetaan, vaikutukset ovat samat.
On monia esimerkkejä lajin liiallisesta hyväksikäytöstä ihmisten keskuudessa, mukaan lukien jättiläiset punapuut Kaliforniassa, monet eri suurriistalajit Afrikassa ja valaat ympäri maailmaa. Valaspopulaation tuhoaminen metsästyksen kautta sai paljon julkisuutta. Suojelu ei tarkoita, etteikö kasvi tai eläin voisi tuhoutua. Sen sijaan poisto suoritetaan hallitulla tavalla, joten mitään ei koskaan poisteta ekosysteemistä nopeammin kuin se voidaan korvata. Suojelu ekosysteemien hallinnan avulla tarkoittaa, että koko ekosysteemi voidaan ylläpitää samalla kun se tarjoaa nykyisille ja tuleville käyttäjille.
Yksi ekosysteemien hallinnan vastustamisen tärkeimmistä kohdista tulee niiltä, jotka tällä hetkellä käyttävät ekosysteemiä toimeentulonsa vuoksi. Esimerkki on puuntuotanto verrattuna suojeluun Yhdysvaltojen Tyynenmeren havumetsissä. Puuteollisuuden edustajat olivat huolissaan työpaikkojen menetyksestä, kun taas luonnonsuojelijat viittasivat tärkeimpien lajien, kuten pöllöjen, menettämiseen puiden puutteen vuoksi. Laadittu ekosysteemien hallintaohjelma tarjosi puun korjuun ja jätti silti tarpeeksi puita tietyille alueille lajien tason ylläpitämiseksi.
On tärkeää huomata, että ekosysteemien hallintaan kuuluu koko ekosysteemin ylläpito, ei vain tietyn lajin tai ekosysteemin osan käsittely. Usein keskittymällä vain yhteen alueeseen muut ekosysteemin alueet kärsisivät yhden alueen menestymisestä. Ekosysteemien hallinta tarjoaa kokonaisvaltaisemman kuvan onnistuneen ekosysteemin luomisesta nykyisyyttä ja tulevaisuutta varten.