Endoskooppikoulutus sisältää opetuksen käyttää endoskooppia tehokkaasti ihmiskehon sisäiseen tutkimiseen, sisäisten leikkausten suorittamiseen ja biopsioiden tekemiseen. Endoskooppi on pitkä, joustava lääketieteellinen työkalu, jossa on valo ja videokamera, joka asetetaan ihmiskehoon. Endoskooppia voidaan liikuttaa, kun se on asetettu paikalleen, ja se lähettää kuvia televisioon tai tietokoneen näyttöön, jotta lääkäri voi tutkia sisäelimiä ja kudoksia. Usein diagnostiikan apuna käytetty endoskooppi tallentaa myös istunnon, jolloin lääkintähenkilöstö voi tutkia toimenpiteen ja lähettää sen muille terveydenhuollon tiimin jäsenille, jotka eivät ole läsnä toimenpiteen aikana. Endoskopian koulutus käsittää yleensä suurimman osan gastroenterologian koulutuksesta.
Endoskopiaa suorittavilta lääkäreiltä odotetaan osaamista useilla avainaloilla. Näitä alueita ovat kolonoskopia, ruoansulatuskanavan endoskopia, endoskooppiset leikkaustekniikat, diagnostiikka ja biopsiat. Endoskooppikoulutuksen erikoisalat ovat endoskooppiset ultraäänitutkimukset, lasten endoskopia, bronkoskopia ja endoskooppinen retrogradinen kolangio-haimatulehdus. Sen lisäksi, että opitaan käyttämään endoskooppia erilaisten toimenpiteiden suorittamiseen, tällaiseen koulutukseen kuuluu myös laitteen puhdistamisen ja desinfioinnin sekä eri toimenpiteiden aikana käytettävien lisävälineiden oppiminen sekä näiden toimenpiteiden asianmukainen dokumentointi. Endoskopiasta johtuvien infektioiden ehkäiseminen, tunnistaminen ja hoito on aihe, jota käsitellään myös koulutuksen aikana.
Useimpien endoskooppisten koulutusohjelmien aikana diagnostiikka on yksi keskittymisalueista. Diagnostiikka on yksi endoskopian päätoiminnoista ja siitä on hyötyä useiden sairauksien diagnoosin vahvistamisessa. Tällaisia sairauksia voivat olla virtsatieinfektiot, sisäinen verenvuoto, hengitysvaikeudet, suolisto -ongelmat ja mahahaava.
Leikkaus on toinen tärkeä osa endoskooppista koulutusta, ja tällaiset tekniikat vaihtelevat peruskirurgisista toimenpiteistä edistyneisiin toimenpiteisiin, jotka on usein varattu endoskopian erikoisalueille. Ihmiskehossa olevien vieraiden esineiden poistaminen on yksi menettely, jonka useimmat lääkärit oppivat endoskooppisessa koulutuksessa. Muita opittuja kirurgisia tekniikoita ovat usein sappirakon poisto, munanjohtimien sitominen ja pienten kasvainten poistaminen. Kehittyneisiin leikkaustekniikoihin kuuluu oppia kiinnittämään erikoistyökaluja endoskooppiin ja käyttämään niitä leikkauksen suorittamiseen.
Biopsioiden suorittaminen on myös tärkeä painopistealue syövän diagnosoinnissa. Lääkärit oppivat käyttämään endoskooppia kudosnäytteiden ottamiseen, jotka voidaan sitten analysoida sen määrittämiseksi, onko kudos syöpä. Monissa tapauksissa endoskoopin käyttäminen biopsian suorittamiseen antaa potilaalle mahdollisuuden luopua invasiivisesta leikkauksesta, joka on usein kalliimpaa ja aikaa vievää.