Yleisimmät sulfametoksatsolin sivuvaikutukset ovat lieviä vatsavaivoja, kuten pahoinvointia ja ripulia. Se voi myös aiheuttaa lisääntynyttä herkkyyttä auringolle, joten tätä lääkettä käyttävien potilaiden on ryhdyttävä varotoimiin, kun auringolle altistuminen on väistämätöntä. Hattu, pitkät hihat, pitkät housut ja aurinkosuoja tulee käyttää. Myös vakavia, harvinaisia reaktioita voi esiintyä.
Sulfametoksatsoli yhdistetään yleensä trimetopriimin kanssa. Molemmat ovat sulfanomidiperheen antibiootteja, mikä tarkoittaa, että niiden mahdolliset sivuvaikutukset ovat samat. Tätä yhdistelmää käytetään useimmiten E. colin aiheuttamien virtsateiden bakteeri -infektioiden hoitoon. Sitä voidaan käyttää myös korvatulehduksiin ja muihin terveydenhuollon tarjoajan määrittelemiin. Asiantuntijat uskovat, että molemmat lääkkeet voivat aiheuttaa synnynnäisiä epämuodostumia.
Pahoinvointi, ripuli ja ruokahaluttomuus ovat yleisimpiä sulfametoksatsolin sivuvaikutuksia. Mahdollisia ovat myös huimaus, päänsärky ja yleinen vatsakipu. Kuume tai ihottuma voi ilmetä myös pieninä sivuvaikutuksina, mutta ne voivat myös ilmoittaa vakavammasta tilasta, kuten Stevens-Johnsonin oireyhtymästä. Anafylaksia, vakava ja mahdollisesti hengenvaarallinen allerginen reaktio, on mahdollinen minkä tahansa lääkkeen kanssa, mutta erityisesti antibioottien kanssa. Kielen turvotus ja hengityksen vinkuminen ovat merkki hätätilanteesta. Potilaiden, joilla on koskaan ollut reaktio sulfanomidiin, ei tule käyttää sulfametoksatsolia.
Stevens-Johnsonin oireyhtymä on luultavasti vakavin sulfametoksatsolin sivuvaikutuksista. Tämän häiriön oireita ovat kuume, kutina, ihovauriot ja haavaumat suussa. Koska iho irtoaa kehosta, potilaat, joilla on Stevens-Johnsonin oireyhtymä, on hoidettava sairaalassa, joskus palovammassa. Tartuntariski on suuri, koska avoimet haavat ovat suuret. Joissakin tapauksissa on pysyviä ihovaurioita, sokeutta tai elinvaurioita.
Muita vakavia sulfametoksatsolin sivuvaikutuksia ovat hepatiitti, verinen ripuli, kohtaukset ja kilpirauhasen suureneminen. Potilaiden, jotka kokevat näitä haittavaikutuksia, on hakeuduttava välittömästi lääkärin hoitoon. Suurin osa näistä sivuvaikutuksista voidaan hoitaa, eivätkä ne aiheuta pysyviä vaurioita.
Tietyt sulfametoksatsolin sivuvaikutukset liittyvät lääkkeen pitkäaikaiseen käyttöön. Tämä lääke voi vähentää verihiutaleiden määrää, mikä johtaa liialliseen mustelmiin tai verenvuotoon. Potilaiden, jotka käyttävät tätä lääkettä, tulee ottaa välittömästi yhteyttä lääkäriin, jos tämä haittavaikutus havaitaan. Tämä lääke voi myös aiheuttaa hemolyyttistä anemiaa, joka johtuu punasolujen ennenaikaisesta tuhoutumisesta tai megaloblastisesta anemiasta, joka johtuu suurentuneista punasoluista. Jotkut potilaat saattavat joutua ottamaan säännöllisesti verikokeita verihiutaleiden määrän seuraamiseksi.