Sertraliini on erittäin tehokas masennuksen hoito, ja masennuksen hoito on lääkkeen pääasiallinen tehtävä. Tutkimukset ovat osoittaneet, että sertraliini on tehokkaampi kuin muut kilpailevat masennuslääkkeet masennuksen hoidossa ja että useimmilla potilailla on positiivinen reaktio lääkkeeseen. Yli puolet potilaista, jotka käyttävät sertraliinia masennukseen, menevät täyteen remissioon, mikä tarkoittaa, että masennus ei ole enää ongelma, mutta voi silti palata tulevaisuudessa. Yleisesti ottaen sertraliini on yleinen ensisijainen lääke potilaille, jotka kärsivät masennuksesta tehokkuutensa ja suhteellisen vähäisten sivuvaikutusten vuoksi. Potilaat, jotka kärsivät sekä masennuksesta että Alzheimerin taudista, eivät kuitenkaan välttämättä sovi sertraliinihoitoon.
Masennuslääkkeet on suunniteltu erityisesti auttamaan masennuksesta kärsiviä potilaita. Yleisimpiä masennuslääkkeitä ovat selektiiviset serotoniinin takaisinoton estäjät (SSRI). Nämä lääkkeet toimivat tasapainottamalla serotoniinitasoa aivoissa, erityisesti estämällä hermon, joka vapautti kemikaalin ottamasta sitä uudelleen. Neurotransmitterit, kuten serotoniini, ovat pohjimmiltaan kemiallisia sanansaattajia, ja niiden tason aivoissa uskotaan liittyvän mielialaan. Sertraliinin käyttö masennukseen toimii, koska se antaa enemmän serotoniinia stimuloimaan muita aivojen hermoja ja siten tasapainottamaan potilaan mielialaa.
Tutkimukset sertraliinin vaikutuksista masennukseen ovat yleensä osoittaneet, että se toimii paremmin kuin lumelääke tai muut yleiset masennuslääkkeet. Tärkein merkittävä ero sertraliinin ja muiden SSRI -lääkkeiden välillä on se, että sertraliinilla on lievä vaikutus dopamiinin, toisen välittäjäaineen ja serotoniinin pitoisuuksiin. Tutkimukset ovat osoittaneet, että muut SSRI -lääkkeet, kuten fluoksetiini, ovat vähemmän tehokkaita kuin sertraliini masennuspotilaiden hoidossa, ja siksi lääke on määrättävä kaikille potilaille ennen muiden hoitojen kokeilua. Useimmat lääkkeen ottaneet potilaat menevät täyteen remissioon kahden kuukauden kuluessa, ja noin 70 prosentilla mieliala paranee merkittävästi.
Tärkein tilanne, jossa sertraliinin käyttöä masennukseen ei pidetä parhaana hoitona, on silloin, kun potilas kärsii myös Alzheimerin taudista. Tutkimukset ovat osoittaneet, että lääke ei ole tehokkaampi kuin lumelääke potilailla, joilla on sairaus. Lisäksi sivuvaikutukset ovat yleisempiä sertraliinihoidossa kuin lumelääkkeellä.
Kaiken kaikkiaan sivuvaikutuksia esiintyy noin neljänneksellä potilaista, jotka käyttävät sertraliinia masennukseen. Suurin osa näistä sivuvaikutuksista on vähäisiä ja hyvin hallittavia, mutta toisinaan voi esiintyä vakavia sivuvaikutuksia, kuten epäsäännöllistä sydämenlyöntiä ja allergisia reaktioita. Sertraliinin yleisiä sivuvaikutuksia ovat unettomuus, huimaus ja ruokahaluttomuus. Sertraliinin antaminen nuorille potilaille voi lisätä itsetuhoisen ajattelun ja käyttäytymisen todennäköisyyttä. Kaikista sertraliinin vakavista sivuvaikutuksista on keskusteltava lääkärin kanssa.