Useimmat lääketieteelliset kirjallisuudet suosittelevat lisätutkimuksia sen määrittämiseksi, onko ondansetroni turvallinen akuutin gastroenteriitin, yleisesti vatsataudin, hoidossa lapsilla, erityisesti alle kolmivuotiailla. Lääke on saanut hyväksynnän joillakin alueilla syöpäpotilaiden kemoterapiaan liittyvän pahoinvoinnin ja oksentelun hoitoon, mutta se ei ole saanut laajaa hyväksyntää lasten gastroenteriitille. Jotkut lääkärit valitsevat lääkkeen käytön riskien ja hyötyjen punnitsemisen jälkeen.
Ondansetroni lapsille saattaa osoittautua tehokkaaksi pysäyttämään virus-, bakteeri- tai loistartuntojen aiheuttamat oksentelut. Tutkimukset osoittavat, että lääke on hyödyllinen kemoterapian ja sädehoidon aiheuttaman pahoinvoinnin hoidossa syöpää sairastavilla lapsilla. Lastenlääkärit eivät yleensä suosittele lääkkeitä mahainfluenssan hoitoon, mutta tutkimus osoitti, että yli puolet lääkäreistä määrää ondansetronia lapsille, jos vakava nestehukka on olemassa.
Useat ensiapupotilaiden tutkimukset osoittavat, että ondansetroni lapsille lopetti oksentamisen ja vähensi suonensisäisten nesteiden tarvetta gastroenteriitin vuoksi. Lääkkeen saaneet lapset tarvitsivat myös vähemmän sairaalahoitoja tai lyhyempiä käyntejä. Yksi tutkimus osoitti, että lääkehoitoa saaneilla potilailla oli korkeampi ripulilääkitys lääkärille, mutta toinen tutkimus osoitti päinvastaisia tuloksia.
Asiantuntijat eivät ole varmoja siitä, miten lasten ondansetroni hallitsee oksentelua, mutta he uskovat, että lääke saattaa estää serotoniinin vapautumista mahalaukussa ja suolistossa. Se voi myös toimia keskushermostossa hallitsemaan vatsan kouristuksia. Jotkut lääkärit ajattelevat, että lääkkeen vaikutus voi olla molempien tekijöiden yhdistelmä.
Ruoansulatuskanavan tulehdus on yleinen lapsuuden sairaus, jossa esiintyy toistuvia flunssan kaltaisia oireita, kuten kuumetta, pahoinvointia, oksentelua ja ripulia. Useimmat lapset toipuvat riittävällä nesteellä korvaamaan nestehukkaa. Vakavammissa tapauksissa laskimonsisäiset nesteet voivat olla tarpeen kuivumisen hoitamiseksi. Jos infektio on bakteeri, antibiootit voivat myös auttaa.
Lääke voidaan antaa ennen syöpähoitoa kemoterapiaan ja säteilyyn liittyvän pahoinvoinnin hallitsemiseksi. Se voi myös olla tehokas ehkäisemään pahoinvointia, joka liittyy leikkauksessa käytettävään anestesiaan. Ondansetronia voidaan antaa ennen leikkausta, sen aikana tai sen jälkeen. Tutkimukset osoittavat, että lääke on tehoton liikepahoinvointiin.
Tätä lääkettä käyttävien potilaiden ilmoittama sivuvaikutus numero yksi oli päänsärky. Ummetus on myös yleistä yhdessä kuuman ihon tunteen kanssa. Jotkut potilaat, jotka saivat kemoterapiaa, muita lääkkeitä ja ondansetronia, kärsivät maksan vajaatoiminnasta. Sydänongelmat, mukaan lukien epäsäännöllinen syke ja rintakipu, edustavat muita haittavaikutuksia sekä näön hämärtymistä, varsinkin kun lääkettä annetaan suonensisäisesti suurina annoksina.