Vastasyntyneille on ehkä suoritettava erityyppisiä vastasyntyneen kirurgisia toimenpiteitä, ja jotkut näistä sisältävät synnynnäisten vikojen leikkauksen. Tämä voi sisältää toimenpiteitä raajoissa tai rinnassa. Vastasyntyneen hätäleikkaus saattaa olla tarpeen vastasyntyneelle, jolla on komplikaatioita, jotka voivat vaarantaa vauvan hengen. Sydänleikkaus poikkeavuuksien korjaamiseksi on toinen vastasyntyneen leikkaus, joka voidaan suorittaa pian syntymän jälkeen.
Ennenaikaisesti syntyneillä pikkulapsilla on usein komplikaatioita tai lääketieteellisiä ongelmia, jotka on ehkä korjattava ensimmäisten elinviikkojen aikana. Usein näillä vauvoilla, joiden syntymäpaino on normaalia pienempi, voi olla alikehittyneitä elimiä tai muita ongelmia. Siksi vastasyntyneen leikkaus on yleisempi ennenaikaisilla imeväisillä kuin täysi-ikäisillä.
Vastasyntyneen leikkaus suolistosairauksien korjaamiseksi tapahtuu imeväisillä, jotka synnytetään täysi -ikäisinä ja ennenaikaisesti. Suoliston vastasyntyneen leikkaus voidaan suorittaa tukoksen korjaamiseksi. Tämä voi olla hengenvaarallista lapselle, ellei sitä korjata kirurgisesti mahdollisimman pian. Suolen tukos voi aiheuttaa sepsiksen ja massiivisen infektion vastasyntyneellä ja vauva voi huonontua nopeasti, jos kirurgisia toimenpiteitä ei suoriteta heti.
Keuhkojen epämuodostumat on ehkä korjattava vastasyntyneen kirurgisilla toimenpiteillä. Kaikki poikkeavuudet keuhkojen rakenteessa voivat aiheuttaa täydellisen romahtamisen, mikä johtaa hengitysvajaukseen. Tämäntyyppinen leikkaus suoritetaan tyypillisesti hätätilanteessa.
Vatsan seinämään liittyvät synnynnäiset viat voivat vaatia vastasyntyneen leikkausta. Tällaiset viat voivat häiritä ruoansulatusta, ja jos niitä ei korjata, lapsella on suuri riski aliravitsemuksesta ja nopeasta laihtumisesta. Jos leikkausta ei suoriteta mahdollisimman nopeasti, seurauksena voi olla nestehukka ja muita kriittisiä komplikaatioita.
Vaikka harvemmin nähdään, yhdistyneiden kaksosien syntymä voi vaatia hätäleikkauksen useiden ensimmäisten päivien tai viikkojen aikana. Vastasyntyneen leikkaus voi olla tarpeen yhden tai molempien hengen pelastamiseksi. Tällaista leikkausta pidetään usein riskialttiimpana. Selviytymisaste ei ehkä ole korkea, mutta muita vaihtoehtoja ei välttämättä ole.
Nivustyrä on yleinen vastasyntyneille suoritettava leikkaustyyppi, ja se suoritetaan yleensä vastasyntyneen yksikössä. Vaikka yleisemmin nähdään miespuolisilla imeväisillä, tyttövauvat voivat myös kehittää tämän tilan. Kun tyrä häiritsee lapsen verenkiertoa, välitön leikkaus voi olla tarpeen komplikaatioiden välttämiseksi.
Muita vastasyntyneiden kirurgisten toimenpiteiden syitä ovat napanuoran poikkeavuudet ja urospuolisten imeväisten laskeutuneet kivekset. Ruoansulatuskanavan poikkeavuudet voivat olla toinen sairaus, joka vaatii leikkausta vastasyntyneillä. Ruokatorven epämuodostumat, jotka vaativat välitöntä leikkausta, voivat olla siihen liittyvä ongelma.