Sterilointi hammaslääketieteessä on erittäin tärkeää, ja hammaslääkärit ja hammaslääkäriavustajat yleensä puhdistavat ja desinfioivat useimmat toimistojensa ja hoitohuoneidensa pinnat estääkseen bakteerien leviämisen. Myös kertakäyttöisiä hammashoitotarvikkeita käytetään aina kun mahdollista. Työkalut, jotka eivät ole kertakäyttöisiä, pestään yleensä käsin ja laitetaan koneeseen, joka tunnetaan autoklaavina. Tämä kone desinfioi työkalut suihkuttamalla niitä erittäin korkeapaineisella höyryllä, joka tappaa useimmat mikro-organismit. Kaikki työkalut, joita ei voi altistaa korkealle kuumuudelle tai kosteudelle, desinfioidaan yleensä kemikaaleilla.
Koska monet bakteerit voidaan siirtää yksinkertaisesti koskettamalla saastuneita pintoja, hammaslääkärit ja hammaslääkäriavustajat ovat tyypillisesti erittäin vaativia toimistojensa ja hoitohuoneidensa pintojen desinfioinnissa. Kiinteät pinnat, kuten laskurit ja pesualtaat, pyyhitään yleensä antibakteerisella suihkeella. Hammastuolit on myös yleensä peitetty kertakäyttöisillä paperikansilla, jotka heitetään pois jokaisen potilaan jälkeen. Hammaslääkärit ja heidän avustajansa käyttävät yleensä myös suojaavia esteitä, kuten käsineitä ja naamioita, estämään bakteerien leviämistä potilailleen.
Kertakäyttöiset hammaslääketieteelliset työkalut ja tarvikkeet ovat eräitä tärkeimpiä esineitä hammaslääketieteellisessä steriloinnissa. Jotkut kertakäyttöiset hammashoitotarvikkeet sisältävät ruokalapuja ja maskeja, jotka on kääritty steriiliin pakkaukseen. Kun niitä käytetään yhden potilaan kanssa, ne yksinkertaisesti heitetään pois.
Työkalut, joita ei voi heittää pois, kuten hammasharjat, käytetään yleensä erittäin intensiivisessä hampaiden sterilointiprosessissa. Ensin ne yleensä hangataan voimakkaasti käsin. Tämä tehdään yleensä kuumalla vedellä ja pesuaineella, ja se auttaa poistamaan kaikki suuret hiukkaset, kuten plakin. Ne voidaan myös sijoittaa tärylevylle, joka on täynnä puhdistusliuosta, mikä voi auttaa poistamaan hyvin pieniä hiukkasia.
Hammaslääketieteelliseen sterilointiin kuuluu myös työkalujen näkymättömien mikrobien tappaminen. Autoklaavit ovat koneita, joita käytetään yleisesti hammaslääketieteellisessä steriloinnissa. Nämä koneet on yleensä valmistettu suurista metallisylintereistä, ja ne ovat samanlaisia kuin painekattilat. Kun työkalut on asetettu autoklaaviin, ne ruiskutetaan korkeapainehöyryllä. Koneen korkea paine auttaa nostamaan höyryn erittäin korkeisiin lämpötiloihin, jotka ovat tarpeen tauteja aiheuttavien mikro-organismien tappamiseksi.
Kaikki työkalut, jotka eivät voi altistua kosteudelle tai voimakkaalle kuumuudelle, on steriloitava muilla menetelmillä. Kemikaaleja käytetään usein steriloinnin aikana myös hammaslääketieteessä. Jotkut bakteerien tappamiseen ja hammasvälineiden sterilointiin käytetyt kemikaalit ovat tyypillisesti jodi- tai alkoholipohjaisia, koska molemmat kemikaalit ovat erittäin tehokkaita tappamaan bakteereja.