Jotkut naiset käyttävät ondansetronia raskauden aikana aamupahoinvoinnin hallitsemiseksi. Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirasto (FDA) on luokitellut raskausluokan B lääkkeeksi, ja sitä pidetään yleensä turvallisena pahoinvoinnin lievittämiseksi raskauden aikana. Sitä tulisi kuitenkin ottaa vain tarvittaessa, esimerkiksi silloin, kun nainen ei pysty pitämään ruokaa kurissa pahoinvoinnin vuoksi. Tällaisissa tapauksissa ondansetronin mahdollisia kielteisiä vaikutuksia pidetään yleensä parempina kuin sikiölle mahdollisesti aiheutuvaa haittaa, jos se ei saa tarvittavia ravintoaineita äidiltä. Tästä syystä raskaana olevia naisia kannustetaan keskustelemaan hyvistä ja huonoista puolista lääkärin kanssa ennen tämän lääkkeen ottamista.
Ondansetroni on luokiteltu raskausluokan B lääkkeeksi, koska raskaana olevilla naisilla ei ole saatu päätökseen kontrolloituja tutkimuksia vuodesta 2011 lähtien. Tutkijat ovat kuitenkin suorittaneet eläinkokeita selvittääkseen ondansetronin vaikutukset raskauteen. Tulosten mukaan tämä lääke ei ole aiheuttanut haitallisia vaikutuksia eläinten sikiöihin. Tästä huolimatta eläimet eivät aina reagoi lääkkeisiin samalla tavalla kuin ihmiset, minkä vuoksi on vaikea sanoa varmasti, että ondansetroni ei vahingoita sikiötä. Tässä mielessä lääkärit eivät tarjoa tätä lääkettä, elleivät ole varmoja, että raskaana olevat potilaat tarvitsevat sitä terveydellisistä syistä.
Suurin syy siihen, että monet lääkärit edelleen määräävät ondansetronia ihmisiin liittyvien tutkimusten puutteesta huolimatta, on se, että pieni mahdollisuus kielteisiin vaikutuksiin on usein parempi kuin vaihtoehto. Esimerkiksi jotkut naiset kärsivät hyperemesis gravidarumista raskauden aikana, mikä tarkoittaa, että he voivat heittää melkein kaiken, mitä he syövät. Tästä tilasta kärsivät naiset eivät myöskään voi tyypillisesti pitää nesteitä alhaalla, mikä aiheuttaa kuivumisen vaaran. Tämä yhdessä useimpien elintarvikkeiden oksentamisen aiheuttaman ravinteiden puutteen kanssa voi vahingoittaa vakavasti sekä äitiä että sikiötä. Kuivumisen ja aliravitsemuksen tiedetään olevan haitallisia, kun taas ondansetronilla raskauden aikana ei ole tunnettuja haitallisia vaikutuksia, joten jälkimmäisen ottamista pidetään yleensä parhaana vaihtoehtona.
Useimmat naiset, jotka käyttävät ondansetronia raskauden aikana, tarvitsevat sitä vain ensimmäisen kolmanneksen aikana, jolloin he todennäköisimmin kärsivät aamupahoinvoinnista. Jotkut naiset tarvitsevat sitä kuitenkin koko raskauden ajan. Tällaisissa tapauksissa lääkäri arvioi tilanteen todennäköisesti uudelleen jokaisen synnytystä edeltävän tapaamisen yhteydessä selvittääkseen, ovatko ondansetronin hyödyt raskauden aikana edelleen suuremmat kuin mahdolliset riskit. Useimmat naiset lakkaavat tarvitsemasta tätä lääkettä raskauden päätyttyä, mikä on todennäköisesti hyvä asia imettäville äideille, koska ei tiedetä, kulkeeko lääke rintamaitoon.