Yleisimpiä isoniatsidin sivuvaikutuksia ovat huimaus, unettomuus ja vatsavaivat, vaikka vakavampia haittavaikutuksia voi esiintyä. Tämä antibiootti voi myös aiheuttaa hermotulehdusta, kohtauksia ja virtsaamisvaikeuksia. Kohonnut verensokeri, epänormaalit verikokeiden tulokset ja psykoosi ovat mahdollisia isoniatsidin sivuvaikutuksia, ja ne voivat olla voimakkaampia, kun tätä lääkettä yhdistetään tiettyihin muihin lääkkeisiin. Henkeä uhkaavia maksavaurioita on raportoitu joidenkin tätä antibioottia käyttävien ihmisten keskuudessa. Mahdollisista uusista tai kiusallisista isoniatsidin sivuvaikutuksista on ilmoitettava lääkärille lääketieteellistä arviointia varten.
Ruoansulatushäiriöt ovat yleisimmin raportoituja isoniatsidin sivuvaikutuksia, ja niihin voivat kuulua pahoinvointi, oksentelu tai närästys. Myös vatsakrampit, ummetus ja ripuli on dokumentoitu. Lääkärin on arvioitava jatkuva oksentelu tai ripuli, erityisesti jos verta on läsnä, jotta vatsan tai suoliston vauriot voidaan sulkea pois. Vaikea vatsakipu, johon liittyy kuumetta, tulee käynnistää lääkäri tai lähimmän sairaalan päivystysosasto.
Veren häiriöt voivat kehittyä isoniatsidin sivuvaikutuksina ja häviävät usein itsestään lääkityksen lopettamisen jälkeen. Kohonnut verensokeri ja alentunut B6-vitamiinipitoisuus ovat yleisimpiä vereen liittyviä ongelmia, jotka liittyvät tämän lääkkeen käyttöön. Naiset voivat huomata kuukautisten epäsäännöllisyydet eivätkä saa käyttää tätä lääkettä raskauden tai imetyksen aikana. Potilaat, joilla on diabetes tai muut sairaudet, jotka vaikuttavat vereen, eivät ehkä pysty käyttämään turvallisesti isoniatsidia.
Mielenterveyden muutokset ja mielialan vaihtelut on ilmoitettava lääkärille välittömästi, koska nämä isoniatsidin sivuvaikutukset edellyttävät lähes aina eri antibioottihoitoa. Tämän lääkityksen aiheuttama sekavuus, ärtyneisyys ja psykoosi voivat johtaa tuhoisaan käyttäytymiseen ja vaativat usein ensiapua. Jos isoniatsidihoitoa saavasta potilaasta tulee taisteleva tai hänellä on merkkejä itsensä vahingoittamisesta, on otettava yhteyttä ensiapuun, jotta hän voi kuljettaa apua lähimpään sairaalaan.
Tämän lääkkeen seurauksena voi esiintyä vakavia maksavaurioita, ja tämä riski kasvaa pitkäaikaisessa käytössä. Keltaisuudelle on ominaista keltainen sävy, joka vaikuttaa ihoon tai silmien valkoiseen osaan ja osoittaa usein, että maksa ei pysty toimimaan kunnolla. Tämä vaurio voi olla hengenvaarallinen ja joskus vaatii maksansiirron potilaan hengen pelastamiseksi. Ne, joilla on jo munuaisten vajaatoiminta, voivat kokea täydellisen munuaisten vajaatoiminnan tätä lääkettä käytettäessä. Dialyysi tai elinsiirto saattaa olla tarpeen, jos lääkitystä ei lopeteta ennen pysyvän munuaisvaurion kehittymistä.