Termi antigeenisyys kuvaa antigeenin kykyä tuottaa immuunivaste kehossa ja sitoutua sitten T-soluihin tai vasta-aineisiin tämän vasteen tapahtumisen jälkeen. Kun antigeeni tai tarttuva mikrobi viedään kehoon, se yleensä laukaisee immuunijärjestelmän vasteen. Jos sitten antigeeni pystyy sitoutumaan tämän immuunivasteen tuottamiin valkosoluihin ja vasta -aineisiin, sen sanotaan olevan korkea antigeenisyys ja sitä on suhteellisen vaikea karkottaa kehosta. Antigeeneillä, joilla on vaikeuksia sitoutua valkosoluihin ja vasta -aineisiin, sanotaan olevan alhainen antigeenisyys ja ne ovat suhteellisen helppoja voittaa immuunijärjestelmä.
Vaikka antigeenisyyttä pidetään yleisesti haitallisena ominaisuutena mikrobeissa, sitä voidaan joskus käyttää ihmisten ja eläinten eduksi. Immunogeenisyys on antigeenisyyden osajoukko, joka voidaan havaita, kun antigeeni aiheuttaa immuunivasteen, mutta ei sitoudu valkosoluihin ja vasta -aineisiin. Tällainen toiminta tapahtuu usein, kun ihmiset ja eläimet saavat rokotteita. Näiden injektioiden antigeenit ovat hyvin heikkoja tai kuolleita, mutta ne pakottavat kehon silti yrittämään suojautua. Myöhemmin, kun vahva versio viruksesta yrittää hyökätä kehoon, sen antigeenisyys on todennäköisesti vähäistä, koska kehon immuunivaste sille on valmis siihen.
Kun antigeenit, joilla on voimakas antigeenisyys, pystyvät sitoutumaan immuunijärjestelmän lähettämiin soluihin, elimistön voi olla hyvin vaikeaa taistella niitä vastaan. Näissä tapauksissa antigeenit hyökkäävät kehon järjestelmiin, joiden tarkoituksena on pitää se terveenä ja vahvana, mikä voi aiheuttaa erittäin vakavia terveysongelmia. Esimerkiksi jos siitepölyä pääsee kehoon, se voi aiheuttaa immuunivasteen, jossa potilas aivastaa, yskää tai kokee turvotusta nenän ja kurkun kautta. Siitepöly, joka on tässä antigeeni, voi sitten sitoutua valkosoluihin, jotka yrittävät karkottaa sitä, neutraloimalla ne väliaikaisesti. Tällöin histamiinivaste voi jatkua ja heikentää potilasta.
Siitepöly-esimerkin kaltaisissa tapauksissa lääkitystä tarvitaan yleensä kehon toiminnan tasapainottamiseksi. Allergisia reaktioita hoidetaan yleensä antihistamiineilla ja joskus steroidihoidoilla. Antihistamiinit rauhoittavat histamiinivastetta, koska sitoutuneet valkosolut eivät kykene, ja steroidihoidot vähentävät tulehdusta.
Eri ihmiset reagoivat eri tavoin tiettyihin aineisiin, mikä tarkoittaa, että jokin, joka on antigeeni yhdelle henkilölle, ei ehkä vaikuta toiseen. Maapähkinät ja muut pähkinät ovat esimerkki tästä. Jotkut ihmiset voivat syödä maapähkinöitä ilman häiriöitä, kun taas toiset eivät edes haista maapähkinävoita ilman haittavaikutuksia. Tästä syystä ihmisten ja yritysten, jotka kehittävät uusia elintarvikkeita, kosmetiikkaa, lääkkeitä ja muita tuotteita, on suoritettava antigeenisuustestit ennen näiden tuotteiden julkistamista. Tällaisissa testeissä tutkitaan tuotteen aiheuttamaa immuunivastetta, jolloin valmistaja voi tietää, onko tuote turvallinen suurelle yleisölle.