Mahalaukun ohitusleikkaus tarjoaa ratkaisun monille ihmisille, jotka kamppailevat liikalihavuuden kanssa, mutta menettelyyn liittyy yleisesti joitakin haitallisia vaikutuksia. Yleisimpiä mahalaukun ohitusongelmia ovat polkumyyntioireyhtymä, joka ilmenee, kun vatsa tyhjenee liian nopeasti, ja kuivuminen, joka ilmenee, kun potilas ei juo tarpeeksi vettä. Ruoansulatushäiriöt voivat olla erityinen ongelma myös mahalaukun ohituspotilaille. Lisäksi joillakin potilailla esiintyy tilapäistä hiustenlähtöä mahalaukun ohitusleikkauksen jälkeen.
Yksi yleisimmistä mahalaukun ohitusongelmista kutsutaan polkumyyntioireyhtymäksi. Kun henkilöllä on polkumyyntioireyhtymä, hänen vatsansa tyhjenee nopeasti ja sulattamaton ruoka siirtyy ohutsuoleen. Useimmissa tapauksissa tämä tapahtuu mahalaukun ohituspotilaalle pian sen jälkeen, kun hän on syönyt. Oireita ovat pahoinvointi, vatsakrampit ja sydämentykytys. Yksilö voi myös tulla heikoksi, punoittamaan tai huimaamaan polkumyyntioireyhtymän seurauksena.
Kuivuminen on myös yksi yleisimmistä mahalaukun ohitusongelmista. Mahalaukun ohitusleikkauksen jälkeen useimpien ihmisten on juotava paljon vettä; lääkäri voi ehdottaa, että potilaat juovat noin 2 litraa (67.62 unssia) vettä päivässä mahalaukun ohitusleikkauksen jälkeen. Jos henkilö ei tee niin, hän voi kuivua, tuntea pahoinvointia ja oksentaa. Monissa tapauksissa pahoinvointi ja oksentelu vain pahentavat potilaan kuivumista. Joskus nestehukka mahalaukun ohituksen jälkeen voi muuttua niin vakavaksi, että potilas joutuu sairaalaan ja hän saa nesteitä suonensisäisesti.
Ruoansulatushäiriöt ovat myös yleisimpiä mahalaukun ohitusongelmia. Ruoansulatushäiriöt ilmenevät, kun keho ei pysty sulattamaan ruokaa kunnolla tai sen on vaikea tehdä niin. Se aiheuttaa sellaisia epämiellyttäviä oireita kuin polttava tunne tai lievä tai vaikea kipu ylävatsassa. Lisäksi jotkut ihmiset tuntevat olonsa täyteen, kun he syövät edelleen, tuntevat olonsa liian täyteen syömisen jälkeen, paisuvat tai tuntevat pahoinvointia ruoansulatushäiriöiden vuoksi.
Jotkut potilaat voivat myös menettää hiuksiaan, kun heille on tehty mahalaukun ohitusleikkaus. Tämä voi olla vain pieni hiustenlähtö tai merkittävä määrä potilaasta riippuen. Tämä johtuu tyypillisesti ravinnon puutteesta, joka kehittyy leikkauksen jälkeen. Se voi myös esiintyä osana kehon reaktiota nopeaan laihtumiseen, jonka potilas kokee mahalaukun ohitusleikkauksen jälkeen. Monet potilaat huomaavat, että lisäravinteet auttavat tätä epämiellyttävää vaikutusta, ja useimmat ihmiset näkevät tämän ongelman päättyvän muutaman kuukauden kuluttua leikkauksesta.