Allergialääkkeellä syproheptadiinilla ei ole suurta riskiä tunnetuista vakavista sivuvaikutuksista. Yleisimmät syproheptadiinin sivuvaikutukset tuottavat kuitenkin monenlaisia lääketieteellisiä ongelmia. Nämä vaihtelevat uneliaisuudesta tai levottomuudesta päänsärkyyn ja kurkun kuivumiseen, mutta yleensä ne eivät ole vakavia ja ovat vain väliaikaisia. Mahdollisesti vakavia vaikutuksia ovat allergia, mielenterveyshäiriöt ja kohtaukset, mutta niitä esiintyy vain harvoin.
Yleensä syproheptadiini otetaan suun kautta joko tabletteina tai nesteenä. Se on antihistamiini, mikä tarkoittaa, että se vähentää kehon korkeiden histamiinitasojen vaikutusta, joka yleensä aiheuttaa tulehdusta, punoitusta ja ärsytystä. Antihistamiinit ovat yleensä hyödyllisiä sairauksia vastaan, joihin liittyy yliaktiivista immuunijärjestelmää, kuten heinänuhaa tai ihottumaa. Vaikka ne eivät voi parantaa allergioita, ne voivat parantaa oireita ja tehdä potilaasta mukavamman.
Ruoansulatuskanavan ongelmat ovat joitakin yleisimmistä syproheptadiinin sivuvaikutuksista, ja niihin kuuluvat vatsavaivat ja ummetus. Potilaat voivat myös kehittää suurempaa ruokahalua ja saada painoa lääkkeen käytön aikana. Valppauteen voi myös vaikuttaa haitallisesti kuluttajien epätavallinen uneliaisuus, ja luettelo tavallisista syproheptadiinin sivuvaikutuksista voi sisältää myös koordinaation heikkenemistä tai lihasvoimaa ja huimausta. Epätavalliset jännityksen tai hermostuneisuuden oireet voivat johtua myös lääkkeen käytöstä.
Kyproheptadiini voi myös vaikuttaa liman tuotantoon hengitysteissä, mikä voi olla hyödyllistä ihmisille, jotka kärsivät influenssan kaltaisista oireista allergioidensa seurauksena, mutta voi olla haitallista myös silloin, kun se aiheuttaa haittavaikutuksia. Normaalisti kurkun, suun ja nenän sisäkalvoilla on kosteaa suojaa ja limaa, mutta yksi syproheptadiinin sivuvaikutuksista on näiden alueiden kuivaaminen. Vaihtoehtoisesti ihmiset, jotka käyttävät syproheptadiinia, voivat huomata, että kurkun tai nenän lima muuttuu paksummaksi ja vaikeammaksi puhdistaa kuin normaalisti.
Lääkkeen harvinaisemmat sivuvaikutukset voivat olla riittävän vakavia vaatiakseen ensiapua. Näitä ovat allergiat, jotka aiheuttavat oireita, kuten kasvojen turvotusta ja hengitysvaikeuksia. Vaikutukset aivoihin voivat muuttaa tapaa, jolla henkilö toimii tai ajattelee, ja voi jopa aiheuttaa hämmennystä tai aistiharhoja. Maksavaurio voi aiheuttaa ihon ja silmien kellastumista; jos lääke vaurioittaa munuaisia, henkilö voi kokea virtsan tummumista. Lisää mahdollisia vaarallisia sivuvaikutuksia ovat näön hämärtyminen tai voimakas oksentelu, ja nämä kaikki edellyttävät lääkärin tutkimusta.