Atsitromysiiniä käytetään usein bakteeri -infektioiden hoitoon, mutta kuten useimmat lääkkeet, sillä on usein joitain sivuvaikutuksia. Yleisimmät ovat yleensä enemmän ärsyttäviä kuin vaarallisia, kuten pahoinvointi, huimaus ja päänsärky. Tietenkin on olemassa joitakin atsitromysiinin sivuvaikutuksia, jotka ansaitsevat lääkärin hoitoa, mukaan lukien veriset ulosteet ja epäsäännöllinen sydämenlyönti. Jotkut haittavaikutukset esiintyvät yleensä vain niille, jotka ovat allergisia tälle lääkkeelle, kuten nokkosihottuma ja ihon kutina. Vaikka tällaiset allergiaoireet häviävät, kun lääkettä ei enää käytetä, on yleensä tarpeen saada ensiapu ensiapuun, varsinkin jos kasvot turpoavat ja on vaikea hengittää.
Joillakin potilailla voi esiintyä vatsavaivoja, kun he käyttävät tätä lääkettä, koska pahoinvointi ja oksentelu ovat yleisimpiä atsitromysiinin sivuvaikutuksia. Pahoinvoinnin lisäksi vatsa voi myös satuttaa, ja usein ilmenee myös ripulia tai ummetusta. Nukkuminen voi olla vaikeaa etenkin potilaille, jotka ovat ahdistuneita tämän lääkkeen käytön aikana, mikä voi johtaa väsymykseen ja huimaukseen päivän aikana. Vaikka nämä atsitromysiinin sivuvaikutukset eivät yleensä ole hengenvaarallisia, ne on mainittava lääkärille, varsinkin jos ne näyttävät pahenevan.
Jos oireet yhdistyvät tai pahenevat, voi olla aika soittaa lääkärille. Vaikka ripulia yksinään ei yleensä pidetä vakavana ongelmana, se voi olla varoitusmerkki, jos siitä tulee erityisen vetistä tai veristä. Lisäksi vaikka pahoinvointi yksin ei yleensä ole haitallista, se voi viitata vakavampaan ongelmaan, kun siihen liittyy kuume, ruokahaluttomuus ja tumma virtsa. Ei ole yllättävää, että rintakipu ja epäsäännöllinen syke on mainittava lääkärille mahdollisimman pian, varsinkin jos havaitaan jokin näistä muista sivuvaikutuksista. On huomattava, että useimpia potilaita kehotetaan jatkamaan tämän lääkityksen käyttöä, kunnes he voivat puhua lääkärin kanssa.
Tietenkin on joitain ihmisiä, joiden ei pitäisi ottaa tätä lääkettä, vaikka he eivät useinkaan ole tietoisia tästä ennen kuin he havaitsevat allergian oireita. Esimerkiksi nokkosihottuma tai punaisen, kutiavan ihon havaitseminen voi osoittaa allergiaa tälle lääkkeelle tai ainakin haittavaikutusta. Iho ei ole ainoa ruumiinosa, johon voi kohdistua allergia atsitromysiinille, koska kurkun tai kasvojen turvotusta voi esiintyä. Tämä voi johtaa hengitysvaikeuksiin, mikä tarkoittaa, että hätätapaus tulee yleensä hakea, jos tällaisia atsitromysiinin sivuvaikutuksia havaitaan.