Terapeuttiseen kloonaukseen kuuluu solujen ja kehon kudosten replikointi lääketieteelliseen käyttöön. Kloonauksen vaikutukset erilaisiin olosuhteisiin, kuten elinten toimintahäiriöt ja kudosten viallinen toiminta, ovat lupaavia, samoin kuin koko tieteellisen tutkimuksen arvo. Monet merkittävät tieteelliset ja lääketieteelliset järjestöt tukevat siten solujen kloonausta, mutta monet kriitikot – tieteelliset ja muut – tuomitsevat tämän käytännön. He väittävät, että terapeuttisen kloonauksen todellisuus ei täytä lupauksia ja voi joissakin tapauksissa osoittautua vaaralliseksi. Vastustajien mukaan terapeuttinen kloonaus herättää vakavia eettisiä kysymyksiä elämästä ja kuolemasta.
Alkiot voivat tuottaa ainutlaatuisia kantasoluja, jotka voidaan kasvattaa minkä tahansa tyyppisiin elinsoluihin tai kudoksiin. Jos potilaalla on vaurioitunut sydän, kloonattuja soluja voitaisiin käyttää sydänkudoksen terveiden sykkivien solujen luomiseen. Henkilö, joka kärsii vakavista palovammoista, voitaisiin hoitaa kloonatuilla ihosoluilla eikä kivuliailla ja arvaamattomilla ihosiirtomenetelmillä. Jos henkilö kärsii selkäydinvammasta, kloonatut hermosolut voivat jonain päivänä antaa hänen kävellä uudelleen. Edellä mainitut ovat vain muutamia mahdollisista eduista, joita kloonaus voi tarjota.
Vielä toivottavampaa on se, että hylkäämismahdollisuus elinsiirroissa vähenee huomattavasti, koska juuri kloonatut elimet tulevat kärsivän yksilön omista soluista. Ihmisen kloonauskehitys moninkertaistuu vuosittain, mutta tutkijat ovat jo saavuttaneet jonkin verran menestystä sikojen tai muiden eläinkudosten kloonaamisessa lääketieteellisiin tarkoituksiin. Koska sioilla on samanlainen elinjärjestelmä kuin ihmisillä, nisäkkäät ovat ihanteellisia ehdokkaita perustutkimukseen ja jopa elinsiirtoihin.
Kannattajat puhuvat kloonauksen käytöstä sairaalaympäristössä, mutta yleisen lääketieteellisen tutkimuksen mahdollisuudet ovat vieläkin houkuttelevampia. Solujen kehitys on tärkeä linkki monimutkaisten olosuhteiden, kuten synnynnäisten vikojen ja syövän, ymmärtämisessä. Jos kloonatut solut antavat tiedemiehille paremman käsityksen solujen normaalista kehityksestä, ne laajentumalla saavat myös tietoa syistä epänormaaliin solujen kehitykseen monien vikojen ja syöpien takana. Lisäksi kloonatut solut voivat sallia geneettisten sairauksien manipuloinnin ja mahdollisen poistamisen.
Joidenkin alan johtavien tutkijoiden todisteet viittaavat kuitenkin vakaviin haittoihin terapeuttisessa kloonauksessa. Itse asiassa monet lääketieteelliset kloonausharjoitukset eivät ole onnistuneet. Suuri osa kloonatuista soluista sisältää vikoja, mikä lopulta kumoaa niiden tarkoituksen paranemiskeinona. Jopa monilla täysin kloonatuilla organismeilla on merkittäviä vikoja ja ne kuolevat ennenaikaisesti. Kloonattujen organismien solujen käyttäminen voi luoda väärää toivoa ja mahdollisesti virheellisiä hoitoja.
Vaikka lääketieteelliset huolenaiheet ovat päteviä, epäilemättä kaikkein merkittävin erimielisyyden ääni kaikenlaisille kloonauksille syntyy henkilöiltä, jotka ovat kiinnostuneita alkioiden kloonaamisesta. Aivan kuten abortin kannattajat ja vastustajat ovat erimielisiä siitä, milloin elämä alkaa, sama kysymys herättää intohimoista keskustelua kloonauksesta. Kriitikot väittävät, että kloonattuja alkioita ei pitäisi käyttää lääketieteellisiin kokeisiin, koska ne ovat elinkelpoisia eläviä olentoja, joilla on omat oikeutensa. Alkio on DNA ja täydellinen genomi; sillä on kaikki kyvyt kasvaa kypsäksi ihmisen sikiöksi.
Mahdollisia ongelmia, joita terapeuttinen kloonaus ja koko kloonaus aiheuttavat, voidaan viedä pidemmälle. Uskonnolliset yksilöt voivat tuntea, että kloonaus häiritsee luomisasioita, jotka on parasta jättää hengellisille olennoille tai luonnolle. Jos ihmisen täydellinen kloonaus toteutuu, tuloksena olevilta organismeilta voidaan riistää yksilöllisyys ja käyttää niitä luovuttajien pelkkinä elinten keräysjärjestelminä. Tällaiset huolenaiheet ovat saaneet monet alueet kieltämään kloonauskäytännöt.