Jotkut tieteellisen tutkimusyhteisön jäsenet ehdottavat, että kantasoluterapian käyttö autismiin aiheuttaa normaalin aivosolujen kasvun ja lisää elimen happivirtausta. Useimmissa tapauksissa kantasoluja napanuoista käytetään kognitiivisen häiriön hoidossa. Kantasolujen uskotaan myös torjuman joitain mahdollisia autismin geneettisiä tekijöitä, kuten epänormaalia muodostumista ja tulehdusta soluissa, jotka vaikuttavat kognitiiviseen kehitykseen.
Autismi ja siihen liittyvät häiriöt, kuten Aspergerin oireyhtymä, voivat aiheuttaa viivästyksiä ja heikentymisiä henkilön kyvyssä seurustella, kommunikoida ja kehittää normaaleja elämäntaitoja. Häiriö näyttää vaikuttavan kielen kehitykseen ja voi vaikuttaa yksilön ymmärrykseen ja tulkintaan sosiaalisista vihjeistä ja hyväksyttävästä sosiaalisesta käyttäytymisestä. Jotkut lääketieteen tutkijat ja kehityshäiriöiden harjoittajat uskovat, että jotkut näistä vaikutuksista voidaan kääntää autismin kantasoluterapian avulla. Tämäntyyppinen hoito infusoi ihmisen kantasoluja potilaan järjestelmään siinä toivossa, että nämä solut saavat aivot kasvattamaan uutta, vahingoittumatonta kudosta.
Yksi todennäköisistä syistä autismiin on epänormaali solujen jakautuminen ja kasvu aivojen osissa, jotka vaikuttavat viestintään ja kielen kehitykseen. Tämän seurauksena häiriöllä diagnosoiduilla on taipumus käyttäytyä tavalla, josta suurin osa yhteiskunnasta saattaa tuntua epätavalliselta tai vaikealta tulkita. Esimerkiksi tyypillisiä varhaisia autismin piirteitä ovat äärimmäinen vetäytyminen ja kyvyttömyys puhua ja vastata tyypillisellä tavalla. Vaikka hoito voi usein sisältää käyttäytymistekniikoita, kuten yksilöiden sopeutumisen hitaasti sosiaaliseen vuorovaikutukseen, autismin kantasoluterapia yrittää käyttää kehon luonnollista uudistumisprosessia korvaamaan epänormaalit solut jonkin kielen ja kognitiivisten kykyjen palauttamiseksi.
Autismin kantasoluterapian mahdollisten hyötyjen uskotaan vievän aikaa esiin, koska hoito käsittää normaalin aivokudoksen asteittaisen uudelleenkasvun. Olemassa olevan geneettisen koodin tai epänormaalien ominaisuuksien päällekkäisyyden sijasta nämä kantasolut kasvavat täysin toimivaksi kudokseksi ja niiden uskotaan lopulta korvaavan vaurioituneet solut. Autismin hoidossa kantasolujen on osoitettu lisäävän hapen määrää aivoissa, mikä voi luoda vakaamman ympäristön terveelle kudosten kehitykselle.
Vaikka autismin kantasoluterapia on osoittanut jonkin verran lupausta, sitä ei ole laajalti osoitettu hyväksyttäväksi tai riittäväksi hoitoksi häiriölle. Autismista kärsiviä ihmisiä hoidetaan edelleen suurelta osin yksilöllisillä koulutusohjelmilla ja käyttäytymiseen liittyvillä elämäntaitotunneilla, jotka voivat keskittyä esimerkiksi ruoanlaittoon ja henkilökohtaiseen hygieniaan. Niille, joilla on autismi ja siihen liittyvät häiriöt, vakavuus ja oireet voivat vaihdella melko paljon. Jotkut pystyvät kommunikoimaan ja saamaan työpaikan, kun taas toiset eivät voi puhua ilman teknologian tai vaihtoehtoisten viestintämenetelmien apua.