Bioproteettisen sydämen venttiilin mahdollisia riskejä voivat olla mekaaninen hemolyyttinen anemia, epäonnistuminen, endokardiitti ja hyljintä. Myös hyytymisongelmat ovat mahdollisia, vaikka tämä on yleisempi mekaanisilla venttiileillä ja se voidaan estää riittävästi antikoagulanttihoidolla potilaan suojelemiseksi. Näitä riskejä voidaan harkita ennen kuin ne suosittelevat bioproteesiventtiiliä potilaalle, joka saattaa haluta keskustella käytettävissä olevista vaihtoehdoista lääkärin kanssa ennen kuin päättää sydämen venttiilin vaihdosta. On myös tärkeää olla tietoinen siitä, että jatkuva seuranta on tarpeen sydämen terveyden seuraamiseksi ja laitteen toiminnan varmistamiseksi.
Mekaanisessa hemolyyttisessä anemiassa bioproteettisen venttiilin aiheuttama turbulenssi veressä aiheuttaa punasolujen tuhoutumisen. Tämä voi ylittää kehon kyvyn tuottaa uusia punasoluja, mikä johtaa ajan mittaan niiden pitoisuuksien yleiseen laskuun. Potilaat, joilla on hemolyyttinen anemia, voivat kokea oireita, kuten väsymystä ja raajojen sinertymistä, koska heidän kehonsa eivät saa tarpeeksi happea. Verikoe voi paljastaa merkkejä siitä, että punasoluja ei ole riittävästi, ja jos potilaalla on korvaava sydänläppä, tätä voidaan epäillä syylliseksi.
Venttiilivika on erityisen huolestuttava bioproteettisen venttiilin kanssa, koska se on vähemmän kestävä kuin mekaaninen vastine. Ajan myötä sian, naudan, hevosen tai ihmisen venttiilin komponentit voivat alkaa hajota, jolloin se toimii vähemmän tehokkaasti; 10–15 vuoden kuluttua potilas saattaa tarvita uuden. Jotkut lääkärit välttävät bioproteettisia sydänläppiä alle 65 -vuotiailla potilailla sillä perusteella, että potilas saattaa tarvita useita leikkauksia ajan kuluessa yhden tai useamman viallisen laitteen korvaamiseksi, ja tämä voi aiheuttaa kohtuuttoman riskin.
Endokardiitti on myös mahdollinen riski, vaikka se on pieni, puhtaan tuotannon ja kirurgisten tekniikoiden sekä muiden infektioiden mahdollisuuksia rajoittavien kontrollien ansiosta. Mekaanisilla ja bioproteettisilla venttiileillä on taipumus toimia suunnilleen samalla tavalla endokardiitin kehittymisen mahdollisuuksien suhteen. Potilaiden on ehkä suoritettava joitakin ennaltaehkäiseviä toimenpiteitä, kuten antibioottien käyttö ennen hammashoitoa suojautuakseen tältä mahdollisesti vaaralliselta infektiolta.
Lopuksi on olemassa mahdollisuus hylätä bioproteettinen venttiili, mikä on vähemmän ongelma mekaanisissa vaihtoehdoissa, koska ne on valmistettu bioyhteensopivasta materiaalista. Keho voi tunnistaa luovuttajamateriaalin uhkana ja alkaa hyökätä sen kimppuun, jolloin venttiili epäonnistuu. Lääkkeitä voidaan käyttää hylkimisriskin rajoittamiseen tai lääkäri voi harkita autograftin suositusta, jossa bioproteettisen venttiilin materiaali kerätään suoraan potilaalta.