Paras lääke bakteerivaginoosiin on yleensä reseptilääke. Antibiootit, joko otettuna suun kautta tai emättimeen, ovat yleensä tehokkaita eroon bakteereista, jotka ovat vastuussa bakteerivaginoosista. Useimmille naisille suun kautta otettavat antibiootit ovat paras hoito bakteerivaginoosin tapauksessa, koska emättimeen asetetut antibiootit ovat usein hieman vähemmän tehokkaita. Joskus nainen voi myös harkita kotihoitoa bakteerivaginoosiin, mutta kotilääkkeet eivät yleensä ole luotettavia tämän bakteeri -infektion hoitoon.
Useimmissa tapauksissa paras lääke bakteerivaginoositapaukseen on metronidatsoli -niminen antibiootti, jota myydään usein tuotenimellä Flagyl®. Metronidatsolia määrätään tyypillisesti pillereinä, mutta se voidaan antaa myös emättimen kautta. Geelimuotoa, joka asetetaan emättimeen bakteerivaginoosin hoitamiseksi, kutsutaan nimellä Metrogel®. Nainen voi myös käyttää geeliä nimeltä klindamysiini vaihtoehtona Metrogelille. On myös syytä huomata, että jotkut bakteerivaginoosin tapaukset häviävät itsestään.
Yleensä suun kautta annettava metronidatsoli on tehokkaampi bakteerivaginoosin hoidossa kuin emättimen käyttö. Joissakin tapauksissa nainen voi kuitenkin mieluummin käyttää emättimen kautta annettavaa lääkettä huolimatta siitä, että se on hieman heikompi kuin suun kautta otettava lääke. Tämä johtuu siitä, että jotkut ihmiset ovat ilmoittaneet epämiellyttävistä sivuvaikutuksista metronidatsolin käytön aikana. Sivuvaikutuksia voi esiintyä myös emättimen geeleillä, mutta ne ovat yleensä vähäisiä ja kehittyvät vähemmän.
Vaikka metronidatsolia pidetään yleensä parhaana lääkkeenä bakteerivaginoosiin, on myös muita antibiootteja, jotka voivat osoittautua tehokkaiksi. Yksi vaihtoehtoisista bakteerivaginoosin hoidoista on nimeltään tinidatsoli. Vaikka se ei ehkä ole yhtä tehokas bakteerivaginoosin hoidossa kuin metronidatsoli, sitä pidetään luotettavana hoitona. Siihen liittyy myös vähemmän sivuvaikutuksia kuin metronidatsoliin.
Nainen voi myös tuntea houkutusta kokeilla kotihoitoa bakteerivaginoosiin. Yleensä kuitenkin kotihoito epäonnistuu, ja nainen saattaa silti tarvita lääkärin hoitoa kokeiltuaan niitä. Lääkärit kuitenkin yleensä suosittelevat hoitoa, koska bakteeri -infektio voi aiheuttaa komplikaatioita. Esimerkiksi bakteerivaginoosi voi johtaa keskenmenoon, ennenaikaiseen synnytykseen ja kohdun synnytyksen jälkeiseen infektioon. Käsittelemätön bakteerivaginoosi voi myös edistää lantion tulehdussairauden kehittymistä, mikä voi johtaa vakavaan sairauteen ja pysyvään hedelmättömyyteen.